gmx-tcaf - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-tcaf - Calcular viscosidades de líquidos

SINOPSE

gmx tcaf [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-do [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[agora] [-xvg ] [- [não] mol] [- [não] k34]
[-peso ] [-acflen ] [- [não] normalizar] [-P ]
[-fitfn ] [-começar ] [-endfit ]

DESCRIÇÃO

gmx tcaf calcula autocorrelações atuais transversais. Eles são usados ​​para estimar o
viscosidade de cisalhamento, eta. Para obter detalhes, consulte: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) pp 359-366.

As correntes transversais são calculadas usando os vetores k (1,0,0) e (2,0,0) cada um também em
que o y e z-direcção, (1,1,0) e (1, -1,0) cada um também nos outros 2 planos (estes
vetores não são independentes) e (1,1,1) e as outras 3 diagonais de caixa (também não
independente). Para cada vetor k, o seno e o cosseno são usados, em combinação com o
velocidade em 2 direções perpendiculares. Isso dá um total de 16 * 2 * 2 = 64 transversal
correntes. Uma autocorrelação é calculada ajustada para cada vetor k, o que dá 16
TCAFs. Cada um desses TCAFs é ajustado a f (t) = exp (-v) (cosh (Wv) + 1 / W sinh (Wv)), v = -t / (2
tau), W = sqrt (1 - 4 tau eta / rho k ^ 2), o que dá 16 valores de tau e eta. O ajuste
pesos decaem exponencialmente com a constante de tempo w (dado com -peso) como exp (-t / w), e o
O TCAF e o ajuste são calculados até o tempo 5 * w. Os valores eta devem ser ajustados a 1 - a
eta (k) k ^ 2, a partir do qual se pode estimar a viscosidade de cisalhamento em k = 0.

Quando a caixa é cúbica, pode-se usar a opção -oc, que faz a média dos TCAFs sobre todos
vetores k com o mesmo comprimento. Isso resulta em TCAFs mais precisos. Tanto o cúbico
TCAFs e ajustes são escritos para -oc As estimativas de eta cúbico também são escritas para -ov.

com a opção -mol, a corrente transversal é determinada por moléculas em vez de átomos. No
neste caso, o grupo de índice deve consistir em números de moléculas em vez de números de átomos.

As viscosidades dependentes de k no -ov o arquivo deve ser ajustado a eta (k) = eta_0 (1 - ak ^ 2)
para obter a viscosidade em comprimento de onda infinito.

Observação: certifique-se de escrever coordenadas e velocidades com freqüência suficiente. A inicial,
não exponencial, parte da função de autocorrelação é muito importante para a obtenção de um
bom encaixe.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Trajetória de precisão total: tr CPT tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-ot [<.xvg>] (transcur.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-do [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

- [não] mol (no)
Calcular TCAF de moléculas

- [não] k34 (no)
Use também k = (3,0,0) e k = (4,0,0)

-peso (5)
Tempo de decaimento exponencial para os pesos de ajuste TCAF

-acflen (-1)
Comprimento do ACF, o padrão é metade do número de quadros

- [não] normalizar (sim)
Normalizar ACF

-P (0)
Ordem do polinômio de Legendre para ACF (0 indica nenhum): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nenhum)
Função de ajuste: nenhum, exp, exp_exp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-começar (0)
Hora de começar o ajuste exponencial da função de correlação

-endfit (-1)
Momento em que terminar o ajuste exponencial da função de correlação, -1 é até o
final

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