hhsearch - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hhsearch - pesquisa um banco de dados de HMMs com um alinhamento de consulta ou HMM de consulta

SINOPSE

hhsearch -i pergunta -d banco de dados [opções]

DESCRIÇÃO

HHsearch versão 2.0.16 (janeiro de 2013) Pesquise um banco de dados de HMMs com um alinhamento de consulta ou
consulta HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Detecção de homologia de proteína por comparação HMM-HMM. Bioinformatics 21: 951-960 (2005).

-i
inserir / consultar alinhamento de sequência múltipla (a2m, a3m, FASTA) ou HMM

-d
Banco de dados HMM de HMMs concatenados no formato hhm, HMMER ou a3m, OU, se o arquivo tiver
extensão pal, lista de nomes de arquivos HMM, um por linha. Vários dbs, HMMs ou amigos
arquivos com -d ' ... '

pode ser 'stdin' ou 'stdout' em toda a extensão.

saída opções:
-o
escrever os resultados no formato padrão para o arquivo (padrão = )

-Como de
escrever alinhamentos de pares de correspondências significativas no formato FASTA Análogo para
saída em formato A3M, A2M e PSI (por exemplo -Oa3m)

-oa3m
escrever MSA de correspondências significativas em formato a3m Análogo para saída em a2m, psi,
e formato hhm (por exemplo -ohhm)

-e
Valor de corte E para inclusão em alinhamento múltiplo (def = 0.001)

-seq
máx. número de sequências de consulta / modelo exibidas (def = 1) Cuidado com transbordamentos! Tudo
essas sequências são armazenadas na memória.

-contras mostrar a sequência de consenso como sequência mestre da consulta MSA

-nocons
não mostra a sequência de consenso nos alinhamentos (padrão = mostrar)

-nopred
não mostra a estrutura secundária prevista em alinhamentos (padrão = mostrar)

-nodssp
não mostra a estrutura 2ª DSSP em alinhamentos (padrão = mostrar)

-ssconf
mostrar confidências para estrutura 2ª prevista em alinhamentos

-p
probabilidade mínima na lista de resumo e alinhamento (def = 20)

-E
valor E máximo no resumo e lista de alinhamento (def = 1E + 06)

-Z
número máximo de linhas na lista de acertos de resumo (def = 500)

-z
número mínimo de linhas na lista de acertos de resumo (definição = 10)

-B
número máximo de alinhamentos na lista de alinhamento (def = 500)

-b
número mínimo de alinhamentos na lista de alinhamento (def = 10)

-aliw [40, .. [
número de colunas por linha na lista de alinhamento (def = 80)

-dbstrlen
comprimento máximo da string de banco de dados a ser impressa no arquivo hhr

Filtrar consulta de alinhamento de sequência múltipla

-Eu iria [0,100] identidade de sequência de pares máxima (%) (def = 90)

-dif [0, inf [
filtrar MSA selecionando o conjunto mais diverso de sequências, mantendo pelo menos este número
seqs em cada bloco MSA de comprimento 50 (def = 100)

-cov [0,100] cobertura mínima com consulta (%) (def = 0)

-qid [0,100] identidade de sequência mínima com consulta (%) (def = 0)

-qsc [0,100] pontuação mínima por coluna com consulta (definição = -20.0)

-neff [1, inf]
diversidade alvo de alinhamento (padrão = desligado)

Entrada alinhamento formato:
-M a2m usa A2M / A3M (padrão): maiúsculas = Match; minúsculas = inserir; '-' = Excluir; '.' =
lacunas alinhadas às inserções (podem ser omitidas)

-M primeiro
use FASTA: colunas com resíduo na 1ª sequência são estados de correspondência

-M
use FASTA: colunas com menos de X% de lacunas são estados de correspondência

-Tag NÃO neutralize His-, C-myc-, FLAG-tags e sequência de reconhecimento de tripsina para
distribuição de fundo

HMM-HMM alinhamento opções:
-norealinhar
NÃO realinhe as ocorrências exibidas com o algoritmo MAC (def = realinhar)

-mato [0,1 [
limite de probabilidade posterior para realinhamento MAC (def = 0.350) Controles de parâmetro
avidez de alinhamento: 0: global> 0.1: local

-globo/ -loc
use o modo de alinhamento global / local para pesquisa / classificação (def = local)

-alt
mostrar a isso muitos alinhamentos alternativos significativos (def = 2)

-vit usar algoritmo de Viterbi para pesquisa / classificação (padrão)

-Mac use o algoritmo de precisão máxima (MAC) para pesquisa / classificação

-frente
usar probabilidade de avanço para pesquisa

-exceto
excluir posições de consulta do alinhamento, por exemplo, '1-33,97-168'

-mudança [-1,1]
compensação de pontuação (def = -0.03)

-corr
peso do termo para correlações de pares (def = 0.10)

-sc pontuação de aminoácidos (tja: template HMM na coluna j) (def = 1)

0 = log2 Soma (tja * qia / pa) (pa: aa frequências de fundo)

1 = soma log2 (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))

2 = soma log2 (tja * qia / ta) (ta: av. Aa freqs no modelo)

3 = log2 Sum (tja * qia / qa) (qa: av. Aa freqs na consulta)

5 correção da composição local de aminoácidos

-ssm {0, .., 4}
0: pontuação não ss 1,2: ss pontuação após ou durante o alinhamento [padrão = 2] 3,4: ss
pontuação após ou durante o alinhamento, previsto vs. previsto

-ssw [0,1] peso da pontuação ss em comparação com a pontuação da coluna (def = 0.11)

-ssa [0,1] Matriz de substituição SS = (1-ssa) * I + ssa * matriz de substituição SS completa
[def = 1.00)

lacuna custo opções:
-gapb [0, inf [
Mistura de pseudocontagem de transição (def = 1.00)

-gapd [0, inf [
Mistura de pseudocontagem de transição para lacuna aberta (padrão = 0.15)

-boca
Mistura de pseudocontagem de transição para estender a lacuna (def = 1.00)

-gapf ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de abertura de gap para exclusões (def = 0.60)

-gapg ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de abertura de espaço para inserções (def = 0.60)

-gaph ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de extensão de lacuna para exclusões (def = 0.60)

-gapi ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de extensão da lacuna para inserções (def = 0.60)

-egq [0, inf [penalidade (bits) para lacunas finais alinhadas aos resíduos da consulta (def = 0.00)

-egt [0, inf [penalidade (bits) para lacunas finais alinhadas aos resíduos do modelo (def = 0.00)

Pseudoconta (computador) opções:
-pcm {0, .., 3}
dependência de posição da mistura de pc 'tau' (modo pc, padrão = 2) 0: sem pseudo contagens:
tau = 0 1: tau constante = a 2: dependente da diversidade: tau = a / (1 +
((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: número de sequências efetivas no MSA local em torno da coluna i)
3: pseudocontas de diversidade constante

-pca [0,1] mistura geral de pseudocontagem (def = 1.0)

-pcb [1, inf [valor limite de Neff para -pcm 2 (def = 1.5)

-pcc [0,3] expoente de extinção c para -pcm 2 (def = 1.0)

Específico do contexto pseudo-contagens:
-nocontxt
use matriz de substituição em vez de pseudocontas específicas do contexto

-contxt arquivo de contexto para computação de pseudocontas específicas de contexto
(padrão =. / data / context_data.lib)

-cslib
arquivo de estado da coluna para pré-filtragem rápida do banco de dados (padrão =. / data / cs219.lib)

-csw [0, inf] peso da posição central no modo cs pseudocount (def = 1.6)

-csb [0,1] parâmetro de redução de peso para posições no modo cs pc (def = 0.9)

Outros opções:
-CPU
número de CPUs a serem usadas (para SMPs de memória compartilhada) (padrão = 1)

-v
modo detalhado: 0: sem saída de tela 1: apenas advertências 2: detalhado

-maxres
número máximo de colunas HMM (definição = 15002)

-máximo [1, inf [memória máxima disponível em GB (padrão = 3.0)

- pontuação escrever pontuações para todas as comparações de pares para o arquivo

-calma {0, .., 3} calibração de pontuação empírica de 0: consulta 1: modelo 2: ambos

padrão 3: estimativa baseada em rede neural de parâmetros EVD

Exemplo: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d escopo70_1.71.hhm

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