Este é o comando loadPulses que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
loadPulses - informação de pulso de sequenciamento de carga
SINOPSE
carregarPulsos BasFileName cmpNomeArquivo [opções]
DESCRIÇÃO
carregarPulsos carrega informações de pulso de sequenciamento, como distância entre pulsos ou qualidade
informações no arquivo cmp.h5. Isso permite que se analise cinética e qualidade
informações por coluna de alinhamento.
OPÇÕES
BasFileName
A entrada {bas, pls} .h5 ou input.fofn.
cmpNomeArquivo
O arquivo cmp.h5 no qual carregar as informações de pulso.
-Métricas valor
Uma lista de métricas separadas por vírgulas (sem espaços).
As opções válidas são:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
As opções padrão são:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Saia se algum campo de dados estiver faltando na entrada bas.h5 ou pls.h5 que está
necessário para carregar uma métrica. Defualt é um aviso.
-por ler
Carregue as informações de pulso por leitura, em vez de métricas de buffer.
-bimétrico
Carregue as informações de pulso por métrica e não por leitura. Isso usa mais memória do que
-por ler, mas pode ser mais rápido.
-maxElementos valor
Defina um limite para o tamanho do arquivo pls / bas para armazenar em buffer -bimétrico (valor padrão:
máximo int). Usar -por ler se o limite for excedido.
-maxMemória valor
Defina um limite (em GB) na memória para armazenar dados com -bimétrico (valor padrão: 4
GB). Usar -por ler se o limite for excedido.
-metaNElementos valor
Defina o número de elementos no cache de metadados para leitura do arquivo bas / bax / pls.h5.
-rawNElementsvalor
Defina o número de elementos no cache de dados brutos para ler o arquivo bas / bax / pls.h5.
-rawChunkSize valor
Defina o tamanho do bloco do cache de dados brutos para ler o arquivo bas / bax / pls.h5.
Use loadPulses online usando serviços onworks.net