Este é o comando maskseqe que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
maskseq - Escreva uma sequência com regiões mascaradas
SINOPSE
máscaraseq -seqüência seqüência -regiões alcance [-abaixar alternancia] -máscara corda
-outseq sequência
máscaraseq -Socorro
DESCRIÇÃO
máscaraseq é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Editar".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência seqüência
Exigido seção
-regiões alcance
Regiões a serem mascaradas. Um conjunto de regiões é especificado por um conjunto de pares de posições. o
posições são inteiros. Eles são separados por qualquer caractere diferente de dígito e não alfa.
Exemplos de especificações de região são: 24-45, 56-78 1:45, 67 = 99; 765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Adicional seção
-abaixar alternancia
A região pode ser 'mascarada' convertendo os caracteres da sequência em minúsculas, alguns
programas não EMBOSS, por exemplo, fasta, podem interpretar isso como uma região mascarada. A sequência é
inalterado, exceto pela mudança de case. Você pode querer garantir que toda a sequência
está em maiúsculas antes de mascarar as regiões especificadas para minúsculas usando o
sinalizador '-supper'. Valor padrão: N
-máscara corda
Caractere para usar ao mascarar. O padrão é 'X' para sequências de proteínas, 'N' para nucleico
sequências. Se o caractere de máscara for definido como o caractere de ESPAÇO ou um caractere nulo,
então a sequência é 'mascarada' mudando-a para minúsculas, assim como com o
sinalizador '-lowercase'. Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? X: N)
saída seção
-outseq sequência
Use maskseqe online usando serviços onworks.net