Este é o comando miraSearchESTSNPs que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
miraSearchESTSNPs - Pipeline para descobrir SNPs em ESTs de diferentes cepas
DESCRIÇÃO
O programa miraSearchESTSNPs pode ser usado para a montagem de dados EST de diferentes cepas
(ou organismos) e detecção de SNP neste conjunto. Este é o antigo programa miraEST
que foi renomeado porque muitas pessoas ficaram confusas quanto a usar o MIRA no modo est ou
miraEST.
miraSearchESTSNPs é um pipeline que reconstrói as sequências de transcrição de mRNA originais
reunidos em projetos de sequenciamento de EST de mais de uma cepa, o que pode ser uma base confiável
para etapas de análise subsequentes, como agrupamento ou análise de exon. Isso significa que mesmo os genes
que contêm apenas um SNP transcrito em diferentes alelos são primeiro tratados como diferentes
transcrições. A última etapa opcional do processo de montagem pode ser configurada como um simples
clusterer que pode reunir transcrições contendo a mesma sequência de exon - mas apenas
diferem nas posições SNP - em uma sequência de consenso. Esses SNPs podem então ser analisados,
classificados e confiavelmente atribuídos à sua sequência de transcriptoma de mRNA correspondente.
No entanto, é importante notar que miraSearchESTSNPs é um assembler e não um completo
ferramenta de agrupamento explodida.
SINOPSE
Na versão 3.9.17 esta funcionalidade está desativada.
Use miraSearchESTSNPs online usando serviços onworks.net