pdb2pqr - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

pdb2pqr - Gera arquivos PQR para uso em cálculos eletrostáticos

SINOPSE

pdb2pqr [--nodebump] [--noopt] [--cadeia] [--atribuir apenas] [--limpar] [--ffout =nome]
[--with-ph =ph] [--apbs-input] [--ligand =caminho] [[--verbose] | [-v]] --ff =campo de força
caminho caminho de saída

pdb2pqr {--Socorro | -h}

DESCRIÇÃO

pdb2pqr automatiza muitas das tarefas comuns de preparação de estruturas para continuum
cálculos eletrostáticos, fornecendo um utilitário para converter arquivos de proteínas em PDB
formato (caminho) para o formato PQR (caminho de saída) Essas tarefas incluem:

· Adicionar um número limitado de átomos pesados ​​ausentes às estruturas biomoleculares

· Determinando pKas de cadeia lateral

· Colocação de hidrogênios ausentes

· Otimizando a proteína para ligações de hidrogênio favoráveis

· Atribuição de parâmetros de carga e raio de uma variedade de campos de força

OPÇÕES

pdb2pqr aceita as seguintes opções:

--ff =campo de força
O campo de força usar. Os valores atuais são âmbar, charme, analisar e til06.

--Socorro, -h
Imprima uma mensagem de ajuda e saia.

--nodebump
Não execute a operação de depuração.

--noopt
Não execute a otimização do hidrogênio.

--cadeia
Mantenha o ID da cadeia no arquivo PQR de saída.

--atribuir apenas
Apenas atribui cargas para adicionar átomos, eliminar ou otimizar.

--limpar
Não faça otimização, adição de átomo ou atribuição de parâmetro, apenas retorne o original
Arquivo PDB em formato alinhado.

--ffout =nome
Em vez de usar o esquema de nomenclatura canínica padrão para nomes de resíduos e átomos, use
os nomes do campo de força fornecido.

--with-ph =ph
Uso propka para calcular pKas e aplicá-los à molécula dado o valor de pH. Real
Os resultados do PropKa serão enviados para caminho de saída.propka.

--apbs-input
Crie um arquivo de entrada APBS com base no arquivo PQR gerado. Crie também um pickle Python
para usar esses parâmetros em outros programas.

--ligand =caminho
Calcule os parâmetros para o ligante no formato MOL2 no dado caminho. Pdb2pka deve
ser compilado.

--verbose, -v
Imprima informações adicionais na tela.

EXTENSÕES

As extensões adicionam funcionalidade ao PDB2PQR e são chamadas passando um parâmetro para pdb2pqr.
Eles colocam seus resultados em arquivos localizados em caminho de saída.

As seguintes extensões podem ser usadas por pdb2pqr:

--phi
Imprima o ângulo phi do backbone por resíduo para caminho de saída.phi.

--psi
Imprima o ângulo psi do backbone por resíduo para caminho de saída.phi.

--hbond
Imprima uma lista de ligações de hidrogênio para caminho de saída.hbond.

--chi
Imprima o ângulo chi do backbone por resíduo para caminho de saída.chi.

--contato
Imprimir uma lista de contatos para caminho de saída.vigarista.

--hbondwhatif
Imprima uma lista de ligações de hidrogênio para caminho de saída.hbo.

--sal
Imprima uma lista de pontes de sal para caminho de saída.sal.

--rama
Imprima os ângulos phi e psi por resíduo para caminho de saída.rama.

CITANDO PDB2PQR

Reconheça o uso de pdb2pqr citando:

Dolinsky TJ, Nielsen JE, McCammon JA, Baker NA. PDB2PQR: um pipeline automatizado para o
configuração, execução e análise de cálculos eletrostáticos de Poisson-Boltzmann. Nucleico
Pesquisa de ácidos, 32, W665-W667 (2004).

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