Este é o comando proteinortho5 que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
proteinortho5 - ferramenta de detecção de ortologia
SINOPSE
Proteinortho5 [OPÇÕES] RÁPIDO1 RÁPIDO2 [RÁPIDO...]
DESCRIÇÃO
Proteinortho é uma ferramenta autônoma que é voltada para grandes conjuntos de dados e faz uso de
técnicas de computação distribuída quando executado em hardware multi-core. Ele implementa um
versão estendida da heurística de melhor alinhamento recíproco. Proteinortho foi aplicado a
computar proteínas ortólogas no conjunto completo de todos os 717 genomas eubacterianos disponíveis
no NCBI no início de 2009. Os autores conseguiram identificar trinta proteínas presentes em
99% de todos os proteomas bacterianos.
OPÇÕES
-e = Valor E para explosão [padrão: 1e-05]
-p = programa blast {blastn | blastp | blastn + | blastp +} [padrão: blastp +]
-projeto =
prefixo para todos os nomes de arquivo de resultado [padrão: myproject]
-sintética
ative a extensão PoFF para separar sequências semelhantes por adjacências contextuais
(requer .gff para cada .fasta)
-dups = PoFF: número de reiterações para heurística de adjacências, para determinar duplicatas
regiões (padrão: 0)
-cs = PoFF: Tamanho de uma substring comum máxima (MCS) para correspondências de adjacência (padrão: 3)
-alpha =
PoFF: peso de adjacências vs. similaridade de sequência (padrão: 0.5)
-desc escrever arquivos de descrição (apenas para entrada NCBI FASTA)
-guarda armazena resultados de explosão temporários para reutilização
-força força o recálculo dos resultados da explosão em qualquer caso
-cpus = número de processadores a serem usados [padrão: auto]
auto-explosão
aplica auto-explosão, detecta parálogos sem ortólogos
-Músicas
relatar genes singleton sem nenhum acerto
-identidade =
min. porcentagem de identidade das melhores explosões [padrão: 25]
-cov = min. cobertura dos melhores alinhamentos de explosão em% [padrão: 50]
-conn = min. conectividade algébrica [padrão: 0.1]
-sim = min. similaridade para hits adicionais (0..1) [padrão: 0.95]
-step = 1 -> gerar índices 2 -> executar explosão (e ff-adj, se -sintética está definido) 3 ->
clustering 0 -> todos (padrão)
-blastpath =
caminho para sua explosão local (se não for instalado globalmente)
-verboso
mantém você informado sobre o progresso
-limpar \ limpo remova todos os arquivos desnecessários após o processamento
-gráfico gerar arquivos .graph (relações de ortologia em pares)
-depurar fornece informações detalhadas para rastreamento de bugs
Parâmetros de explosão mais específicos podem ser definidos por
-blastParameters ='[parâmetros]' (por exemplo -blastParameters ='-seg no')
Caso os trabalhos devam ser distribuídos em várias máquinas, use
-startat = Número do arquivo para começar (padrão: 0)
-stopat = Número do arquivo para terminar (padrão: -1)
Use proteinortho5 online usando serviços onworks.net