Este é o comando simples que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
simples - o contador kmer baseado em array óbvio
SINOPSE
simples [-f|-r|-C] [-c no mundo ] [-m merge] -i entrada -o saída
DESCRIÇÃO
simples é um contador de mer muito simples. Ele aloca uma matriz gigantesca de 32 bits, preenche o
array com mers, classifica e grava a saída. Ele alocará 4 bytes por kmer. k = 16
exigirá 16 GB para ser executado.
OPÇÕES
-i entrada
-o saída
-m merge
o tamanho do mer. O padrão é 22
-f forward kmer (este é o padrão)
-r kmer reverso
-C kmer canônico (lexicograficamente menor do kmer direto e reverso em cada
localização)
-c # compressão mer
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