tigr-glimmer3 - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

tigr-glimmer - Encontre / pontue genes potenciais no arquivo do genoma usando o modelo de probabilidade em
arquivo icm

SINOPSE

tigre-glimmer3 [arquivo genoma] [arquivo icm] [[opções]]

DESCRIÇÃO

brilho-tigre é um sistema para encontrar genes no DNA microbiano, especialmente os genomas de
bactérias e arquéias. brilho-tigre (Gene Locator e Interpolated Markov Modeler) usa
modelos interpolados de Markov (IMMs) para identificar as regiões de codificação e distingui-las de
DNA não codificador. A abordagem IMM, descrita em nosso artigo de pesquisa de ácidos nucléicos sobre tigre-
cintilar 1.0 e em nosso artigo subsequente sobre brilho-tigre 2.0, usa uma combinação de Markov
modelos de 1ª a 8ª ordem, ponderando cada modelo de acordo com seu poder preditivo.
brilho-tigre 1.0 e 2.0 usam modelos de Markov não homogêneos 3 periódicos em seus IMMs.

brilho-tigre é o localizador primário de genes microbianos no TIGR e tem sido usado para anotar
os genomas completos de B. burgdorferi (Fraser et al., Nature, dezembro de 1997), T. pallidum
(Fraser et al., Science, July 1998), T. maritima, D. radiodurans, M. tuberculosis, e
projetos não-TIGR, incluindo C. trachomatis, C. pneumoniae e outros. Suas análises de
alguns desses genomas e outros estão disponíveis no site do banco de dados microbiano TIGR.

Uma versão especial de brilho-tigre projetado para pequenos eucariotos, GlimmerM, costumava
encontrar os genes no cromossomo 2 do parasita da malária, P. falciparum .. GlimmerM é
descrito em SL Salzberg, M. Pertea, AL Delcher, MJ Gardner e H. Tettelin,
"Interpolated Markov models for ekaryotic gene found," Genomics 59 (1999), 24-31.
Clique aqui (http://www.tigr.org/software/glimmerm/) para visitar o site GlimmerM, que
inclui informações sobre como fazer o download do sistema GlimmerM.

O brilho-tigre sistema consiste em dois programas principais. O primeiro deles é o treinamento
programa, build-imm. Este programa pega um conjunto de sequências de entrada e cria e produz
o IMM para eles. Essas sequências podem ser genes completos ou apenas orfs parciais. Por um novo
genoma, esses dados de treinamento podem consistir nesses genes com fortes acessos de banco de dados, bem como
quadros de leitura abertos muito longos que são estatisticamente quase certos de serem genes. o
o segundo programa é o vislumbre, que usa este IMM para identificar genes putativos em todo um
genoma. brilho-tigre resolve automaticamente os conflitos entre a maioria dos genes sobrepostos por
escolhendo um deles. Ele também identifica genes que são suspeitos de realmente se sobreporem e
sinaliza-os para uma inspeção mais detalhada pelo usuário. Esses candidatos a genes "suspeitos" foram
uma porcentagem muito pequena do total de todos os genomas analisados ​​até agora. brilho-tigre
é um programa que ...

OPÇÕES

-C n Use n como porcentagem de GC do modelo independente

Nota: n deve ser uma porcentagem, por exemplo, -C 45.2

-f Usa a energia de ligação ao ribossomo para escolher o códon inicial

+f Use o primeiro códon em orf como códon inicial

-g n Defina o comprimento mínimo do gene para n

-i nome do arquivo
Uso nome do arquivo para selecionar regiões of base que. e guarante que os mesmos estão WOW! limites, so que. não base
dentro que. área precisarão be examinado

-l Assuma genoma linear em vez de circular, ou seja, sem envolvente

-L nome do arquivo
Use o nome do arquivo para especificar uma lista de orfs que devem ser pontuados separadamente, sem
regras de sobreposição

-M A entrada é um arquivo multifasta de genes separados a serem avaliados separadamente, sem
regras de sobreposição

-o n Defina o comprimento mínimo de sobreposição para n. Sobreposições mais curtas do que isso são ignoradas.

-p n Defina a porcentagem de sobreposição mínima para n%. Sobreposições mais curtas do que esta porcentagem de
* ambas * strings são ignoradas.

-q n Defina o comprimento máximo da orf que pode ser rejeitado por causa do
coluna de pontuação de probabilidade para (n - 1)

-r Não use coluna de pontuação de probabilidade independente

+r Use coluna de pontuação de probabilidade independente

-r Não use coluna de pontuação de probabilidade independente

-s s Use a string s como o padrão de ligação do ribossomo para encontrar os códons iniciais.

+S Use um modelo intergênico independente mais estrito que não dê probabilidades de
códons de parada in-frame. (A opção está obsoleta visto que este é agora o único comportamento

-t n Defina a pontuação limite para chamar como gene para n. Se a pontuação in-frame> = n, então
a região recebe um número e é considerada um gene potencial.

-w n Use pontuações "fracas" em genes provisórios n ou mais. Pontuações fracas ignoram o
pontuação de probabilidade independente.

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