Este é o comando xplor2gmx que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
xplor2gmx - Converter restrições de distância XPLOR para o formato Gromacs
SINOPSE
xplor2gmx (resíduo Deslocamento) entrada.pdb
DESCRIÇÃO
xplor2gmx lê um arquivo de entrada XPLOR com dados de restrição de distância, como às vezes é encontrado em
o banco de dados pdb (http://www.pdb.org) A partir deste arquivo de entrada, as reentrâncias diédricas devem ser
removido, de modo que apenas as restrições de distância são deixadas. O script pode lidar com ambíguos
restrições. Ele converte as restrições de distância para o formato GROMACS.
Um arquivo de restrições (.dat) deve ser fornecido em STDIN, e um arquivo de saída adequado (.itp) é
enviado para STDOUT.
EXEMPLOS
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb <restraints.dat> disre.itp
OPÇÕES
xplor2gmx requer duas opções de linha de comando: primeiro, o deslocamento de resíduo (inteiro); segundo,
o nome do arquivo .pdb. O arquivo pdb deve ter números de átomos corretos.
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