Este é o aplicativo Linux chamado BIRAP cuja versão mais recente pode ser baixada como Sample_Files.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado BIRAP com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
CAPTURAS DE TELA:
BIRAP
DESCRIÇÃO:
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) é um pipeline Perl de código aberto e fácil de usar que pode ser usado para anotar novamente genomas bacterianos usando dados experimentais. A ferramenta integra o perfil de expressão derivado de RNA-seq e/ou proteogenômica, compara-o com a anotação in silico existente e ajuda a validar a anotação, identificar novas regiões codificadoras de proteínas, RNA não codificante putativo, bem como ajudar a corrigir erros na anotação existente . O pipeline requer saída “pileup” do SAMtools para dados de RNA-seq e arquivo de locus de peptídeo/ePST (GFF) da ferramenta de Mapeamento Proteogenômico para dados de proteogenômicos juntamente com o genoma e a anotação in silico existente. Quando as informações sobre o locus de promotores e terminadores no genoma (em formato .coords) são fornecidas, o pipeline também ajudará a identificar RNA não codificante.
Recursos
- Análise de região intergênica de genomas bacterianos
- re-anotação de genomas bacterianos
- detecção de RNA pequeno (sRNA)
- RNA-seq
- Proteogenômica
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Console / Terminal, linha de comando
Linguagem de Programação
Perl
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/birap/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.