Este é o aplicativo do Windows denominado NGSEP, cuja versão mais recente pode ser baixada como NGSEPwindows_4.1.0.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado NGSEP com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
CAPTURAS DE TELA:
NGSEP
DESCRIÇÃO:
NGSEP é uma estrutura integrada para análise de dados de sequenciamento de alto rendimento de DNA. O principal uso do NGSEP é a construção e análise downstream de grandes conjuntos de dados de variação genômica. O NGSEP realiza a detecção e a genotipagem precisas de variantes de nucleotídeo único (SNVs), indels pequenos e grandes, repetições em tandem curtas (STRs), inversões e variantes de número de cópias (CNVs). O NGSEP também fornece módulos para anotação funcional, filtragem, conversão de formato, comparação, agrupamento, imputação, análise de introgressão e diferentes tipos de estatísticas. Uma lista completa de funcionalidades está disponível em nosso wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
NEWS: Acabamos de disponibilizar a primeira versão do nosso montador de genomas de-novo. Mais detalhes estão disponíveis no wiki.
Funcionalidades
- Montagem de genomas de novo
- Alinhamento de leituras brutas a um genoma de referência
- Detecção de SNPs, CNVs e variantes estruturais
- Manipulação de VCF: anotação funcional, mesclagem, filtro, comparação, conversão de formato, imputação
- Lê Demultiplexação
- Alinhamento de conjuntos de genoma anotados
- Estatísticas e filtragem de anunciações do transcriptoma no formato GFF3
Público
Indústria de saúde, ciência / pesquisa, outro público, agricultura
Interface com o usuário
Java SWT, Console / Terminal, Eclipse
Linguagem de Programação
Java
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.