bp_indexp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

bp_index.pl - indexează fișierele pentru utilizare de către bp_fetch.pl

REZUMAT

bp_index.pl nume_index fișier1 fișier2 etc.

DESCRIERE

bp_index.pl construiește un index bioperl pentru fișierele de secvență date în lista de argumente,
sub numele de index. De exemplu

bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta

ar construi un index numit „nrdb” ca nume de index pentru fișierul nrdb.fasta și

bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat

ar construi un index numit swiss pentru toate fișierele din /data/swiss care se termină în .dat care
sunt în format EMBL.

Indexurile sunt construite folosind modulele Bio/Index/*, în special, Bio::Index::EMBL și
modulele Bio::Index::Fasta. Orice script care folosește aceste module poate folosi indexul. A
Un bun exemplu de script este bp_fetch care preia secvențele și le trimite către STDOUT, pentru
exemplu

bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN

primește secvența ROA1_HUMAN din indexul elvețian și o scrie în format fasta pe STDOUT.

OPŢIUNI

-fmt - Fasta (implicit), swiss sau EMBL
-dir - directorul în care se găsesc fișierele index
(înlocuiește variabila de mediu BIOPERL_INDEX)

Opțiuni pentru utilizare de către experți

-tip - DBM_file type.
(înlocuiește variabila de mediu BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - raportează fiecare adăugare de index (depanare)

MEDIUL

bp_index și bp_fetch coordonează unde se află bazele de date folosind variabila de mediu
BIOPERL_INDEX. Acest lucru poate fi suprascris folosind opțiunea -dir. Nu există o valoare implicită, deci
trebuie să utilizați opțiunea -dir sau să setați BIOPERL_INDEX.

Tipul DB este coordonat cu BIOPERL_INDEX_TYPE care, dacă nu există, este implicit
indiferent de ce modulele bioperl au instalat, care în sine este implicit SDBM_File.

UTILIZAREA IT TU

bp_index.pl este un script care conduce modulele Index. Dacă doriți să utilizați acest script
foarte mult în munca ta, dacă este bazat pe Perl, este aproape sigur mai bine să te uiți la
cod în acest script și copiați-l peste tot (probabil că veți fi mai probabil să doriți să utilizați
codul bp_fetch).

EXTINDEREA IT

bp_index este doar un înveliș în jurul excelentelor module Index ale lui James Gilbert găsite în bioperl

PARERE

Mailing liste
Feedback-ul utilizatorilor este o parte integrantă a evoluției acestui și a altor module Bioperl. Trimite
comentariile și sugestiile dvs. de preferință către lista de corespondență Bioperl. Participarea ta
este mult apreciat.

bioperl-l@bioperl.org - Discutie generala
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Despre listele de corespondență

Raportarea Bugs
Raportați erorile către sistemul de urmărire a erorilor Bioperl pentru a ne ajuta să ținem evidența erorilor și a acestora
rezoluţie. Rapoartele de erori pot fi trimise prin intermediul web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTOR - Ewan Birney

Ewan Birneybirney@ebi.ac.uk>

Utilizați bp_indexp online folosind serviciile onworks.net