cluster3 - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

cluster3 — Eisen-clustering de date microarray

REZUMAT

cluster3 [-f nume de fișier] [-l 0|1] [-u numele locului de munca] [-g [0..9]] [-e [0..9]] [-m [msca]] [-k
număr] [-s 0|1] [-x număr] [-y număr]

OPŢIUNI

-h--ajutor Afișează rezumatul opțiunilor.

-f nume de fișier
depunerea fișierului

-u numele locului de munca
Vă permite să specificați un nume diferit pentru fișierele de ieșire (implicit este derivat
din numele fișierului de intrare)

-l 0 | 1 Specifică dacă datele se transformă în jurnal (implicit este 0, fără transformare în jurnal)

-k număr Specifică dacă se rulează clustering k-means în loc de clustering ierarhic,
și numărul de clustere k de utilizat (implicit: 0)

-x număr Specifică dimensiunea orizontală a grilei SOM (implicit: 2)

-y număr Specifică dimensiunea verticală a grilei SOM (implicit: 1)

-s 0 | 1 Specifică dacă se calculează un SOM în loc de clustering ierarhic
(implicit: 0)

-v --versiune
Arată versiunea programului.

-g [0..9] Specifică măsura distanței pentru gruparea genelor 0: Fără grupare a genelor 1:
Corelație necentrată 2: corelație Pearson 3: corelație necentrată, valoare absolută 4:
Corelație Pearson, valoare absolută 5: corelația rangului lui Spearman 6: tau lui Kendall 7:
Distanța euclidiană 8: Distanța euclidiană însumată armonic 9: Distanța oraș-bloc
(implicit: 1)

-e [0..9] Specifică măsura distanței pentru microarray clustering 0: Fără clustering 1:
Corelație necentrată 2: corelație Pearson 3: corelație necentrată, valoare absolută 4:
Corelație Pearson, valoare absolută 5: corelația rangului lui Spearman 6: tau lui Kendall 7:
Distanța euclidiană 8: Distanța euclidiană însumată armonic 9: Distanța oraș-bloc
(implicit: 0)

-m [msca] Specifică ce metodă de grupare ierarhică să folosească m: Pairwise complete-
linkage s: legătură unică în perechi c: legătură centroid în perechi a: medie pe perechi
legătură (implicit: m)

Utilizați cluster3 online folosind serviciile onworks.net