Aceasta este comanda efetch care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
efetch - preia intrări din bazele de date secvențe.
REZUMAT
efetch -Opțiuni [Bază de date:]
DESCRIERE
La sfârșitul anilor 90, efetch a fost un instrument foarte popular pentru a recupera extrem de rapid intrările din
cele mai comune baze de date publice de secvențe și motive bioinformatice.
BAZELE DE DATE
SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite
OPȚIUNI:
-a Căutați cu numărul de acces
-f Ieșire în format Fasta
-q Ieșire numai secvență (o linie)
-s <#> Începe de la poziția #
-e <#> Opriți-vă la poziția #
-o Mai multe opțiuni și informații...
-D Specificați directorul bazei de date
-H Afișează datele antetului indexului
-p Afișați numele intrărilor în calea de căutare
-r Secvența de tipărire în format „raw”.
-m Preluare din mini bază de date mixtă
-M Ieșire în format mini
-b NU inversați ordinea octeților (SunOS, IRIX inversează, Alpha nu)
-d Specificați fișierul bazei de date (evitați acest lucru)
-i Specificați fișierul index (evitați acest lucru)
-l Specificați tabelul de căutare a diviziunii (evitați acest lucru)
-B Specificați baza de date (arhaic)
-A Returnați numai numele de intrare pentru numărul de acces
-n Dați secvenței acest nume
-x Nu necesită o interogare pentru a se potrivi exact cu numele intrării (evitați)
-w Pentru Wormpep: preluați și intrarea SwissProt cu referințe încrucișate
-h arată acest text de ajutor
MEDIUL
SWDIR = director SwissProt - baza de date si fisiere index EMBL PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
Genbank -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIR = ProSite -- " -- DBDIR
= al utilizatorului -- " -- (format fast)
Fișierul bazei de date SEQDB (implicit SwissProt)
Fișierul index SEQDBIDX DIVTABL tabel de căutare
Ex. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/
Rețineți că secvențele de consens al familiei Prodom pot fi preluate de PD:_#
Utilizați efetch online folosind serviciile onworks.net