Aceasta este comanda fastaq-filter care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
fastaq_filter - Filtrați secvențele pentru a obține un subset al acestora
DESCRIERE
utilizare: fastaq_filter [opțiuni]
Filtrează un fișier de secvență după lungimea secvenței și/sau după nume care se potrivește cu o expresie regulată
pozitional argumente:
infile Numele fișierului de intrare care trebuie filtrat
outfile
Numele fișierului de ieșire
facultativ argumente:
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
--min_length INT
Lungimea minimă a secvenței de păstrat [0]
--lungime maxima INT
Lungimea maximă a secvenței de păstrat [inf]
--regex REGEX
Dacă sunt date, vor fi păstrate numai citirile cu un nume care se potrivește cu expresia regulată
--ids_file NUME DE FIȘIER
Dacă este dat, vor fi folosite numai citirile al căror ID se află în fișierul dat. Un ID pe linie de
fișier.
-v, --inversa
Păstrați numai secvențele care nu se potrivesc cu filtrele
Pereche fişier pentru citit perechi opţiuni:
--mate_in NUME DE FIȘIER
Numele fișierului de intrare pentru parteneri. Dacă este utilizat, trebuie să furnizeze și --mate_out
--mate_out NUME DE FIȘIER
Numele fișierului de ieșire al partenerilor
--both_mates_pass
În mod implicit, dacă oricare partener trece filtrul, atunci ambii citesc ieșirea. Folosește acest steag pentru
necesită ca ambele citiri ale unei perechi să treacă de filtru
Utilizați fastaq-filter online folosind serviciile onworks.net