Aceasta este comanda gmod_bulk_load_pubmed.plp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmod_bulk_load_pubmed.pl - stochează intrările pubmed în baza de date
DESCRIERE
Utilizare: perl gmod_bulk_load_pubmed.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -i fișier
parametrii
-H nume de gazdă pentru baza de date
-D numele bazei de date
-i fișier de intrare [obligatoriu]
-v ieșire verbosă
-t mod de încercare. Nu efectuați deloc operațiuni de magazin.
-g Numele profilului bazei de date GMOD (poate furniza numele gazdei și DB) Implicit: „implicit”
If nu folosind a GMOD Baza de date profil (opțiune -g) apoi tu trebuie să: furniza il următor
parametrii
-u nume de utilizator
-d numele driverului bazei de date (adică „Pg” pentru postgres)
-p parola pentru ca utilizatorul dvs. să se conecteze la baza de date
Scriptul stochează intrările pubmed în baza de date. Cele existente sunt ignorate. Fișier de intrare
ar trebui să conțină o listă de ID-uri pubmed. Apoi un nou obiect Publication
(Bio::Chado::Schema::Pub::Pub) cu aderare= PMID, specificațiile publicației sunt preluate
de la Entrez (folosind eUtils) care setează diferitele câmpuri din obiectul Publication. Cand
publicația este stocată, un nou dbxref este stocat mai întâi (a se vedea modulul Chado General)
Acest scenariu fabrică implementate cu Chado schemă și acces il următor Mese:
pub
pubaautor
pubprop
dbxref
pub_dbxref
Utilizați gmod_bulk_load_pubmed.plp online folosind serviciile onworks.net