Aceasta este comanda gmod_gff3_preprocessor.plp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
$0 - Pregătește un fișier GFF3 pentru încărcare în bloc într-o bază de date chado.
REZUMAT
% gmod_gff_preprocessor [opțiuni] --gfffile
LINIE DE COMANDA OPŢIUNI
--gfffile Fișierul care conține GFF3 (opțional, poate citi
din stdin)
--outfile Numele nucleului care va fi folosit pentru denumirea fișierelor rezultate
--splitfile Împărțiți fișierele în bucăți mai ușor de gestionat, oferind
un argument pentru controlul divizării
--onlysplit Împărțiți fișierele și apoi închideți (adică, nu sortați)
--nosplit Nu împărțiți fișierele (adică, doar sortați)
--hasrefseq Setați acest lucru dacă fișierul conține o linie de secvență de referință
(Este necesar doar dacă nu se împarte fișiere)
--dbprofile Specificați un nume de profil gmod.conf (în caz contrar, utilizați implicit)
--inheritance_tiers La câte niveluri de moștenire așteptați acest fișier
a avea (implicit: 3)
DESCRIERE
splitfile -- Setarea acestui flag la 1 va face ca fișierul să fie împărțit prin referință
secvenţă. Dacă furnizați un argument opțional, acesta va fi împărțit în continuare în funcție de
aceste reguli:
source=1 Împarte fișierele în funcție de valoarea din coloana sursă
sursă=a,b,c Pune linii cu surse care se potrivesc (prin expresie regulată)
„a”, „b” sau „c” într-un fișier separat
tip=a,b,c Pune linii cu tipuri care se potrivesc cu „a”, „b” sau „c” într-un
dosar separat
De exemplu, dacă ați vrut ca toate rezultatele analizei dvs. să fie incluse într-un fișier separat, dvs
ar putea indica „--splitfile type=match” și toate cDNA_match, EST_match și
Caracteristicile cross_genome_match ar intra în fișiere separate (separate prin secvența de referință).
inheritence_tiers -- Numărul de niveluri de moștenire pe care le are acest fișier. De exemplu, dacă
fișierul are gene „dogma centrală” în el (genă/ARNm/exon, polipeptidă), apoi are 3. Sus
la 4 este acceptat, dar cu cât numărul este mai mare, cu atât funcționează mai lent. Dacă nu
Știi, 3 este o presupunere rezonabilă.
RAPID secvenţă
Dacă fișierul GFF3 conține secvența FASTA la sfârșit, secvența va fi plasată în a
fișier separat cu extensia „.fasta”. Acest fișier fasta poate fi încărcat separat după
fișierele GFF3 divizate și/sau sortate sunt încărcate, folosind comanda:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Utilizați gmod_gff3_preprocessor.plp online folosind serviciile onworks.net