Aceasta este comanda gmx-make_ndx care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-make_ndx - Creați fișiere index
REZUMAT
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-natome ] [-[nu]geamăn]
DESCRIERE
Grupurile de index sunt necesare pentru aproape fiecare program GROMACS. Toate aceste programe pot
generați grupuri de indici implicite. TREBUIE NUMAI să folosești GMX make_ndx când ai nevoie de SPECIAL
grupuri de index. Există un grup de index implicit pentru întregul sistem, 9 grupuri de index implicit
pentru proteine și un grup de index implicit este generat pentru fiecare alt nume de reziduu.
Când nu este furnizat niciun fișier index, de asemenea GMX make_ndx va genera grupurile implicite. Cu
Editorul de index îl puteți selecta pe nume și numere de atomi, reziduuri și lanțuri. Când o alergare
Fișierul de intrare este furnizat, puteți selecta și tipul de atom. Puteți folosi NOT, AND și OR, you
poate împărți grupurile în lanțuri, reziduuri sau atomi. Puteți șterge și redenumi grupuri.
Numerotarea atomilor din editor și fișierul index începe la 1.
-geamana comutatorul dublează toate grupurile de index cu un offset de -natome, ceea ce este util
pentru configurații cu membrană cu două straturi de electrofiziologie computațională.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Opțional)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp TPR
-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
Fișier index
Alte opțiuni:
-natome (0)
setați numărul de atomi (implicit: citiți din fișierul de coordonate sau index)
-[nu]geamăn (Nu)
Duplicați toate grupurile de indici cu un offset de -natoms
Utilizați gmx-make_ndx online folosind serviciile onworks.net