Aceasta este comanda gmx-spol care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-spol - Analizează orientarea dipolului solventului și polarizarea în jurul substanțelor dizolvate
REZUMAT
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[acum]
[-xvg ] [-[nu]com] [-refat ] [-rmin ]
[-rmax ] [-dip ] [-bw ]
DESCRIERE
GMX gen analizează dipolii din jurul unui dizolvat; este util în special pentru apa polarizabilă.
Un grup de atomi de referință sau un centru de referință de masă (opțiune -COM) și un grup de
este necesar atomi de solvent. Programul împarte grupul de atomi de solvent în molecule.
Pentru fiecare moleculă de solvent distanța până la cel mai apropiat atom din grupul de referință sau la
COM este determinat. O distribuție cumulată a acestor distanțe este reprezentată grafic. Pentru fiecare
distanta intre -rmin și -rmax produsul interior al vectorului distanță și al dipolului
a moleculei de solvent este determinată. Pentru moleculele de solvent cu sarcină netă (ioni),
sarcina netă a ionului este scăzută uniform din toți atomii în selecția fiecărui ion.
Se imprimă media acestor componente dipol. La fel se procedează pentru polarizare,
unde dipolul mediu se scade din dipolul instantaneu. Mărimea
dipolul mediu este setat cu opțiunea -dip, direcția este definită de vectorul din
primul atom din grupul de solvent selectat până la punctul de mijloc dintre al doilea și
al treilea atom.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
fișier xvgr/xmgr
Alte opțiuni:
-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie
-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie
-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)
-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere
-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul
-[nu]com (Nu)
Utilizați centrul de masă ca poziție de referință
-refat (1)
Atomul de referință al moleculei de solvent
-rmin (0)
Distanța maximă (nm)
-rmax (0.32)
Distanța maximă (nm)
-dip (0)
Dipolul mediu (D)
-bw (0.01)
Lățimea recipientului
Utilizați gmx-spol online folosind serviciile onworks.net