Aceasta este comanda gt-orffinder care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gt-orffinder - Identifică ORF-uri (cadre de citire deschise) în secvențe.
REZUMAT
gt orffinder [opțiune ...] [nume index] [fișier_GFF3 ...]
DESCRIERE
-tipuri
Specificați regiunile care ar trebui căutate pentru cadre de citire deschise, de ex
LTR_retrotransposon
-allorfs [da|nu]
căutați toate ORF-urile în loc de numai cele mai lungi (implicit: nu)
- min [valoare]
lungime minimă a ORF (implicit: 30)
-max [valoare]
lungimea maximă a ORF (implicit: 10000)
-v [da|nu]
fie verbos (implicit: nu)
-o [nume de fișier]
redirecționează rezultatul către fișierul specificat (implicit: nedefinit)
-gzip [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat gzip (implicit: nu)
-bzip2 [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat bzip2 (implicit: nu)
-forta [da|nu]
forțați scrierea în fișierul de ieșire (implicit: nu)
-seqfile [nume de fișier]
setați fișierul de secvență din care să ia secvențele (implicit: nedefinit)
-encseq [nume de fișier]
setați numele index al secvenței codificate de la care să ia secvențele (implicit:
nedefinit)
-seqfiles
setați fișierele de secvență din care să extrageți caracteristicile utilizate -- pentru a termina lista
a fișierelor de secvență
-matchdesc [da|nu]
căutați descrierile secvenței din fișierele de intrare pentru ID-urile secvenței dorite (în
GFF3), raportând primul meci (implicit: nu)
-matchdescstart [da|nu]
se potrivesc exact cu descrierile secvenței din fișierele de intrare pentru secvența dorită
ID-uri (în GFF3) de la început până la primul spațiu alb (implicit: nu)
-usedesc [da|nu]
utilizați descrierile secvenței pentru a mapa ID-urile secvenței (în GFF3) la secvența reală
intrări. Dacă o descriere conține un interval de secvență (de exemplu, III:1000001..2000000),
prima parte este folosită ca ID de secvență (III) și poziția primului interval ca decalaj
(1000001) (implicit: nu)
-cartarea regiunilor [şir]
setați fișierul care conține regiunea-secvență la maparea fișierului secvență (implicit: nedefinit)
-Ajutor
afișați ajutor și ieșiți
-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți
RAPORTAREA GANDACI
Raportați erori lagt-users@genometools.org>.
Utilizați gt-orffinder online folosind serviciile onworks.net