ipcress - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

ipcress - Sistem de simulare a experimentului PCR in-silico

REZUMAT

ipcres [ Opțiuni ] <grund dosar> <secventa poteci>

DESCRIERE

ipcres este In-silico PCR Experiment Simulare Ssistem.

Acesta este un instrument pentru simularea experimentelor PCR. Furnizați un fișier care conține primeri
și un set de secvențe și prezice produsele PCR.

Ipcress este similar cu programul e-PCR de la NCBI, dar este mult mai rapid și nu
suferă de probleme de identificare a potrivirilor atunci când există simboluri de ambiguitate lângă primer
se termină.

Dacă furnizați mai multe perechi de primeri împreună, ipcress va simula experimentele PCR în
paralel, permițând simularea la nivel de genom a unui număr mare de experimente. Folosește multe
biblioteci din absolvi instrument de comparare a secvenței.

INTRARE FORMAT

Intrarea pentru ipcress este un fișier simplu delimitat de spațiu alb care descrie un experiment per fiecare
linia. Fiecare linie conține următoarele 5 câmpuri:

id Un identificator pentru acest experiment
primer_A Secvența pentru primul primer
primer_B Secvență pentru al doilea primer
min_product_len Lungimea minimă a produsului de raportat
max_product_len Lungimea maximă a produsului de raportat

Iată un exemplu de linie în acest format:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

REZULTATE FORMAT

Formatul de ieșire descrie un produs PCR pe linie,
și este prefixat de „ipcress:”, urmat de următoarele 11 câmpuri:

ID-ul secvenței Identificatorul secvenței
experiment_id Id. experimentul PCR
lungime_produs Lungimea produsului PCR
primer_5 Primerul 5' (fie A sau B)
poz_5 Poziția amorsei 5’
nepotrivire_5 Numărul de nepotriviri pe primerul 5'
primer_3 |
poz_3 | Aceleași câmpuri pentru primerul 3'
nepotrivire_3 |
descriere O descriere a produsului PCR

Câmpul de descriere este unul dintre următoarele 4 șiruri de caractere:

înainte Produs normal, grund A urmat de B
revcomp Produs normal, primer B urmat de A
single_A Produs prost generat numai de primer_A
single_B Produs prost generat numai de primer_B

Există, de asemenea, o ieșire care poate fi citită de om, care nu este proiectată pentru analiza (vezi:
--destul de jos).

GENERAL OPŢIUNI

Majoritatea argumentelor au forme scurte și lungi. Formele lungi
sunt mai probabil să fie stabile în timp și, prin urmare, ar trebui utilizate în scripturi care
apelați ipcress.

-h | --ajutor scurt
Arată ajutor. Aceasta va afișa un rezumat concis al opțiunilor disponibile, implicite
și valorile setate în prezent.

--Ajutor
Aceasta arată toate opțiunile de ajutor, inclusiv valorile implicite, valoarea setată în prezent,
și variabila de mediu care poate fi utilizată pentru a seta fiecare parametru. Acolo va
să fie un indiciu al opțiunilor care sunt obligatorii. Opțiunile obligatorii au nr
implicit și trebuie să aibă o valoare furnizată pentru ca ipcress să ruleze. Dacă opțiuni obligatorii
sunt folosite în ordine, steagurile lor pot fi sărite din linia de comandă (vezi exemplele
de mai jos). Spre deosebire de această pagină de manual, informațiile din această opțiune vor fi întotdeauna active
până acum cu cea mai recentă versiune a programului.

-v | --versiune
Afișați numărul versiunii. Afișează și alte informații, cum ar fi data construirii
și versiunea glib folosită.

FILE INTRARE OPŢIUNI

-i | --intrare
Datele experimentului PCR în formatul de fișier ipcress descris mai sus.

-s | --secvenţă
Specificați secvențele. Aici pot fi specificate mai multe fișiere, ceea ce reduce FSM
construirea deasupra capului și face ca ipcress să ruleze mai rapid decât rularea procesului
separat.

IPCRESS PARAMETRI

-m | --nepotrivire
Specificați numărul de nepotriviri permise per primer. Permiterea nepotrivirilor se reduce
trebuie construită viteza programului ca un cartier mare de primer și
mai puține experimente pot fi încadrate în memorie înainte de fiecare scanare a secvenței
baze de date.

-M | --memorie
Specificați cantitatea de memorie pe care programul ar trebui să o utilizeze. Cu cât se face mai multă memorie
ipcress disponibil, cu atât va rula mai repede, deoarece pot fi efectuate mai multe experimente PCR
în fiecare scanare a bazelor de date de secvenţe. Aceasta nu include memoria utilizată în timpul
scanarea (pentru stocarea rezultatelor și secvențelor parțiale), deci cantitatea reală de
memoria utilizată va fi puțin mai mare.

-p | --frumos
Afișați rezultatele într-un format care poate fi citit de om, care nu este conceput pentru analizare.

-P | --produse
Afișați produsele PCR ca secvență în format FASTA.

-S | --samanta
Specificați lungimea semințelor pentru cuvântul vecinătate pentru FSM. Dacă se setează la zero,
se folosește grundul complet. Cuvintele mai scurte reduc dimensiunea cartierului, dar
măriți timpul necesar ipcress pentru a filtra potrivirile fals pozitive.

MEDIUL

Nu este documentat încă.

EXEMPLE

ipcres test.ipcres secvenţă.fasta
Acesta este cel mai simplu mod în care ipcress poate fi utilizat.
ipcres dbsts_human.ipcress --secvenţă ncbi30/*.fasta --nepotrivire 1
Comparați un fișier de intrare cu un set de fișiere fasta, permițând o nepotrivire în fiecare
grund.

VERSIUNE

Această documentație însoțește versiunea 2.2.0 a pachetului de exonerare.

Utilizați ipcress online folosind serviciile onworks.net