Aceasta este comanda ipig care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
ipig - Integrarea PSM-urilor în vizualizările browserului genomului
REZUMAT
ipig <psm dosar> |-g|-c|-cg [ ]
DESCRIERE
iPiG vizează integrarea potrivirilor de spectru peptidic (PSM) din spectrometria de masă
(MS) identificări de peptide în vizualizări genomice furnizate de browserul genomului, cum ar fi
ca browser de genom UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG preia PSM-uri din formatul standard MS mzIdentML (*.mzid) sau în format text și
oferă rezultate în formate de urmărire a genomului (fișiere BED și GFF3), care pot fi ușor
importate în browserele genomului.
OPŢIUNI
<psm dosar>
indică fișierul cu potrivirile spectrului de peptide (mzid/txt)
-g, -gui
pornește interfața grafică cu utilizatorul iPiG
-c, -Control
pornește controlul genelor, fișierele necesare trebuie să fie indicate în configurație
fişier
-cg, -controlgui
pornește interfața grafică de utilizator a controlului genelor
-d, -descărcător
pornește ghidul de descărcare
poate fi indicat un fișier de configurare diferit (în caz contrar, ipig.conf este încărcat de
Mod implicit)
cerințe suplimentare:
folosind un mod non-gui, un fișier de configurare (ipig.conf în mod implicit) trebuie să conțină mai multe
parametri suplimentari, de exemplu, indicarea genomului de referință etc.
într-un mod gui (-g și -cg), parametrii suplimentari pot fi indicați în două moduri, în interiorul
interfața sau cu un fișier de configurare, de asemenea.
aruncați o privire în readme.txt și ipig.conf pentru exemple și mai multe detalii despre
parametri suplimentari
Utilizați ipig online folosind serviciile onworks.net