Aceasta este comanda mauveToXMFA care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
addUnalignedIntervals - parte a pachetului mauveAligner
alignmentProjector - parte a pachetului mauveAligner
backbone_global_to_local - parte a pachetului mauveAligner
bbAnalyze - parte a pachetului mauveAligner
createBackboneMFA - parte a pachetului mauveAligner
getAlignmentWindows - parte a pachetului mauveAligner
getOrthologList - parte a pachetului mauveAligner
makeBadgerMatrix - parte a pachetului mauveAligner
mauveToXMFA - parte a pachetului mauveAligner
mfa2xmfa - parte a pachetului mauveAligner
projectAndStrip - parte a pachetului mauveAligner
randomGeneSample - parte a pachetului mauveAligner
scoreAlignment - parte a pachetului mauveAligner
stripGapColumns - parte a pachetului mauveAligner
stripSubsetLCBs - parte a pachetului mauveAligner
toGrimmFormat - parte a pachetului mauveAligner
toMultiFastA - parte a pachetului mauveAligner
toRawSequence - parte a pachetului mauveAligner
uniqueMerCount - parte a pachetului mauveAligner
uniquifyTrees - parte a pachetului mauveAligner
xmfa2maf - parte a pachetului mauveAligner
DESCRIERE
Aceste instrumente aparțin pachetului mauveAligner. Ele nu sunt documentate în mod explicit dar
imprimă un rezumat care se repetă aici.
addUnalignedIntervals interval dosar> <ieșire interval dosar>
alignmentProjector xmfa> <ieșire xmfa> <mfa urm intrare> <mfa urm ieșire> <listă of
secv la include, pornire at 0>
backbone_global_to_local <xmfa dosar> <coloana vertebrală dosar> <ieșire dosar>
bbAnaliză <xmfa dosar> <ghid copac> <coloana vertebrală secvpos dosar> <coloana vertebrală cu dosar> <adnotat
urm index> <ieșire dosar>
indexul secv. adnotat începe de la 0.
createBackboneMFA interval dosar> <ieșire AMF nume>
getAlignmentWindows <XMFA aliniere> < fereastra lungime> < fereastra schimbare suma> <bază producție
nume de fișier>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <coloana vertebrală urm dosar> <referință genom> <CDS
ortolog nume de fișier> <CDS aliniere de bază nume>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <ieșire bursuc dosar> <LCB coordona dosar>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Mov Aliniere intrare> <XMFA ieșire>
mfa2xmfa <MFA aliniere intrare> <XMFA aliniere ieșire> [Nealiniat FastA ieșire]
proiectAndStrip xmfa> <ieșire xmfa> ...
Identificatorii de secvență numerică încep de la 0.
randomGeneSample xmfa> <coloana vertebrală urm dosar> <probă genom> <număr of gene>
<ieșire de bază nume> [Aleatoriu sămânță]
scorAlignment <corect aliniere> <calculat aliniere> [evoluat secvenţă fişier] [slagan]
stripGapColumns XMFA> <ieșire XMFA>
stripSubsetLCB-uri xmfa> bbcols> <ieșire xmfa> [min AML pentru tine] [min genomuri]
[la întâmplare subprobă la X kb]
la GrimmFormat <Mov Alinierea> <genomul 1 b.c lungimi>... N b.c lungimi>
toMultiFastA interval dosar> <ieșire de bază nume>
toRawSequence succesiune> <ieșire dosar>
unicMerCount < Sortat Mer Lista>
uniquifyTrees <nexus intrare dosar> <nexus producție dosar>
Toți arborii din fișierul de intrare trebuie să aibă același număr de taxoni și același taxon
etichete
xmfa2maf <xmfa intrare> <maf ieșire>
Utilizați mauveToXMFA online folosind serviciile onworks.net