Aceasta este comanda micro_razers care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
micro_razere
REZUMAT
micro_razers [OPȚIUNI]
DESCRIERE
MicroRazerS utilizează o strategie de cartografiere bazată pe prefix pentru a mapa citirile mici de ARN, eventual
conţinând o secvenţă de adaptor de 3'.
(c) Copyright 2009 de Anne-Katrin Emde.
-h, --Ajutor
Afișează acest mesaj de ajutor.
--versiune
Afișează informații despre versiune
Opțiuni principale::
-o, --ieșire FILE
Schimbați numele fișierului de ieșire. Mod implicit: .rezultat.
-rr, --rata-de-recunoaștere NUM
setați rata de recunoaștere procentuală în intervalul [80..100]. Implicit: 100.
-sL, --lungimea semințelor NUM
lungimea semințelor În intervalul [10..inf]. Implicit: 16.
-sE, --eroare-sămânță
permite o eroare în sămânță
-f, --redirecţiona
harta citește numai pentru a transmite toroane.
-r, --verso
harta citește numai pentru a inversa toroane.
-mN, --meci-N
„N” se potrivește cu toate celelalte personaje
-m, --max-hituri NUM
scoateți numai NUM dintre cele mai bune rezultate din intervalul [1..inf]. Implicit: 100.
-pa, --purge-ambiguu
purge citirile cu mai mult de max-hits cele mai bune potriviri
-lm, --memorie puțină
reduceți utilizarea memoriei în detrimentul timpului de execuție
-v, --verbos
modul verbos
-vv, --verboză
modul foarte verbos
Opțiuni de format de ieșire::
-de, --format de iesire NUM
Setați formatul de ieșire. 0 = format MicroRazerS, 1 = SAM. În intervalul [0..1].
-a, --aliniere
aruncați alinierea pentru fiecare meci
-gn, --denumirea genomului NUM
Selectați cum sunt denumiți genomurile. 0 = folosiți id-ul Fasta, 1 = enumerați începând cu 1. În
interval [0..1]. Implicit: 0.
-rn, --citește-denumire NUM
Selectați cum sunt denumite citirile. 0 = folosiți id-ul Fasta, 1 = enumerați începând cu 1. În
interval [0..1]. Implicit: 0.
-asa de, --ordinea de sortare NUM
Selectați modul în care sunt sortate potrivirile. 0 = numărul citit, 1 = poziția genomului. In raza de actiune
[0..1]. Implicit: 0.
-pf, --format-poziție NUM
Selectați numerotarea poziției de început/sfârșit (consultați secțiunea Coordonate de mai jos). 0 = spațiu liber,
1 = spațiu de poziție. În intervalul [0..1]. Implicit: 0.
VERSIUNE
Versiunea micro_razers: 1.0.1 Ultima actualizare iulie 2009
Utilizați micro_razers online folosind serviciile onworks.net