Aceasta este comanda mipe2dbSTS care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
mipe2dbSTS.pl - Generează fișierul de intrare pentru a fi trimis la dbSTS
incluse în ieșire: secțiunea STS a transmiterii dbSTS
bazat pe versiunea MIPE v1.1
argumente: * mipe_file
* fișier de configurare
* (opțional) listă de ID-uri PCR
Fișierul de configurare este format din linii care conțin o cheie și o valoare, separate printr-un semn egal ('=').
Cheia constă din numele minuscule al fișierului de trimitere NCBI (a se vedea site-ul web dbSTS), urmat de
o liniuță de subliniere și numele minuscule al câmpului din acel fișier.
Următoarele câmpuri ar trebui definite în fișierul de configurare:
pub_title=
pub_authors=
nume_sursă=
sursă_organism=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
protocol_name=
protocol_protocol=
buffer_name=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
Pentru protocol_protocol, buffer_buffer și sts_pcr_profile, sunt necesare mai multe linii (vezi exemplul).
Un exemplu de fișier de configurare arată astfel:
pub_title=Cartarea genetică a SNP-urilor de pui
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal,T.; Crooijmans,RPMA; Groenen, MAM
source_name=ADN genomic de pui
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=jan.aerts@wur.nl
cont_lab=Grupul de creștere și genomică a animalelor
cont_inst=Universitatea din Wageningen
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Wageningen, Țările de Jos
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=Șablon: 30-60 ng
protocol_protocol=Primer: fiecare 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: fiecare 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 unități
protocol_protocol=Volum: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
tampon_tampon = MgCI2: 1.5 mM
tampon_tampon=(NH4)2S4: 20 mM
tampon_tampon=Tris-HCI: 75 mM
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (g/v)
tampon_tampon=pH: 8.8
Utilizați mipe2dbSTS online folosind serviciile onworks.net