predictprotein - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

predictprotein - analizează secvența proteinelor

REZUMAT

predictprotein [--blast-processors] [--num-cpus|c] [--debug|d] [--help] [--make-file|m]
[--makedebug] [--man] [--method] [--dryrun|n] [--numresmax] [--output-dir|o]
[--print-ext-method-map] [--profnumresmin] [--psicexe] [--prot-name|p] [--sequence|seq|s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--target]* [--version|v] [--work-dir|w]

predictprotein [--bigblastdb] [--big80blastdb] [--pfam2db] [--pfam3db] [--prodomblastdb]
[--prositedat] [--prositeconvdat] [--swissblastdb]

predictprotein [--setacl|acl] [-- cache-merge] [-- Force-cache-store]
[-- folosește cache]

DESCRIERE

predictprotein rulează un set de metode de analiză a secvenței proteinelor:

Standard Metode
Aceste metode sunt executate de ținta implicită „toate”:

Pagina de manual pentru extensia țintă pentru funcții
------- ------ --------- --------
mobilitate atomică profbval profbval, profb4snap profbval(1)
transmem bacterian- proftmb proftmb, proftmbdat proftmb(1)
butoaie de brane beta
coiled-coils coiledcoils bobine, bobine_brute bobine-înfășurare(1)
ncoils(1)
punți disulfurice disulfinder disulfinder disulfinder(1)
Termenii de ontologie genetică metastudent metastudent.BPO.txt, metastudent(1)
metastudent.CCO.txt,
metastudent.MFO.txt
explozie de explozie de aliniere localăPsiOutTmp, chk, blastpgp(1)
blastPsiMat,
blastPsiAli,
blastpSwissM8 blastall(1)
complexitate locală ncbi-seg segNorm, segNormGCG ncbi-seg(1)
norsp nors secundar neregulat, sumNors norsp(1)
structura
localizarea nucleară predictnls nls, nlsDat, nlsSum prezice(1)
Pfam scan hmmer v2 hmm2pfam hmm2pfam hmm2pfam(1)
Pfam scan hmmer v3 hmm3pfam hmm3pfam, hmm3pfamTbl, hmmscan(1)
hmm3pfamDomTbl
PROSITE scan prozită prozită prosite_scan(1)
profisis proteino-proteic profisis(1)
site-uri de interacțiune
structura secundara, prof profRdb Prof(1)
accesibilitate de la
profil de secvență
structura secundara, prof prof1Rdb Prof(1)
accesibilitate de la
o singură secvență
structura secundara, reprof reprof reprof(1)
accesibilitate de la
o singură secvență
transmembranar phd phdPred, phdRdb Prof(1)
elice
bucle nestructurate norsnet norsnet norsnet(1)

Opțional Metode
Aceste metode nu sunt redistribuibile sau depind de software-ul neredistribuibil (indicat
de '*'). Trebuie să achiziționați singur componentele neredistribuibile înainte de a putea
utilizați aceste metode.

Aceste metode sunt executate de țintă „opțional”.

Pagina de manual pentru extensia țintă pentru funcții
------- ------ --------- --------
regiuni dezordonate metadisorder mdisorder metatulburare(1)
loctree subcelular3 {arch,bact,euka}.lc3 loctree3(1)
tmhmm* tmhmm na
protein-ARN, somena somena somena(1)
proteine-ADN
site-uri de interacțiune
psic specific poziţiei* psic, clustalngz psihic(1),
numere independente runNewPSIC(1),
și baza sa multi- clustalw(1)
aliniere ple
elice transmembranare tmhmm tmhmm na
tmseg tmseg tmseg(1)
regiuni funcţionale consurf _consurf.grade consurf(1)

Resurse
Argument de linie Cmd de bază de date
-------- -----------------
baza de date de explozie mare (Uniprot+PDB) --bigblastdb
big_80 (big @ 80% identitate de secvență --big80blastdb
nivel de redunabilitate) baza de date blast
baza de date swiss blast --swissblastdb
baza de date pfam v2 --pfam2db
baza de date pfam v3 --pfam3db
prosite_convert.dat --prositeconvdat

Resurse pentru facultativ obiective

Argument de linie Cmd de bază de date
-------- -----------------
baza de date de explozie mare (Uniprot+PDB) --bigblastdb
prosite.dat --prositedat
Swiss-Prot cuvânt cheie la aderare --spkeyidx
„index” pentru loctree

Generator Resurse
Prin amabilitatea lui Wiktor Jurkowski:

* rostlab-data-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* perl /usr/share/loctree/perl/keyindex4loctree.pl < keyindex.txt > keyindex_loctree.txt
* hmmpress Pfam-A.hmm

producție format
Ieșirile metodei sunt depozitate în --output-dir. Fiecare metodă are unul sau mai multe nume de fișier
extensii asociate acestuia, consultați tabelul de mai sus. Consultați pagina de manual a
metode individuale pentru mai multe detalii. Extensiile care se termină cu „gz” sunt comprimate cu
gzip(1).

REFERINȚE

Rost, B., Yachdav, G. și Liu, J. (2004). Serverul PredictProtein. acizi nucleici res,
32 (problema serverului web), W321-6.

În cazul în care considerați utile predictprotein și instrumentele din cadrul, vă rugăm să citați:

* referințele pentru PredictProtein, vezi mai sus

* referințele pentru instrumentele pe care le-ați folosit, consultați REFERINȚE pe pagina de manual a instrumentului

OPŢIUNI

--procesoare-de-explozie
Numărul de procesoare de utilizat, implicit = 1

-c, --num-cpus
Creați joburi, implicit = 1

-d, --depanare
--Ajutor
Imprimați un scurt mesaj de ajutor și ieșiți.

-m, --make-file
faceți fișierul de utilizat, implicit = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk

--makedebug
argument de depanare pentru make, vezi face(1)

--om
Această pagină de documentație

--metodă
Descrie parametrii de control al metodei și solicită metode de rulare când --ţintă nu este
toate. Exemplu de format:

--method=norsp,win=50

* începe cu numele metodei, de exemplu `norsp'

* listați parametrii de control al metodei, de exemplu win=50

Nu toate metodele acceptă trecerea parametrilor de control în acest mod datorită primitivului lor
interfețe de linie de comandă.

-n, --curgere uscată
Nu executați, arată doar ceea ce urmează să fie rulat

--numresmax
Lungimea maximă a secvenței, implicită: 6000. Secvențe mai lungi decât acestea vor face
predictprotein eșuează cu codul de eroare respectiv, consultați ERORI.

-o, --output-dir
Locația finală a fișierelor de ieșire, necesară dacă nu se utilizează cache.

--print-ext-method-map
Imprimați harta extern-la-metodă. Util ca fișier de intrare pentru verificările de consistență.
Format: .

--profnumresmin
Lungimea minimă a secvenței cerută de prof, implicit: 17. Secvențe mai scurte decât aceasta
va face ca predictprotein să eșueze cu codul de eroare respectiv, consultați ERORI.

--psicexe
executabil psic wrapper, implicit: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl

-p, --nume-prot
Numele de bază al fișierelor rezultate și numele proteinei în - de exemplu - fișierele FASTA. Implicit =
„interogare”.

Numele valide sunt din setul de caractere „[[:alnum:]._-]”.

-s, --secv, --secvenţă
introducerea unei secvențe de aminoacizi cu o literă

--seqfile
Fișierul secvenței de aminoacizi FASTA; dacă `-', intrarea standard este citită

--spkeyidx
Fișier „index” de la cuvinte cheie-la-identificator Swiss-Prot pentru loctree(1).

--ţintă=şir
Grupuri de metode de rulat. Dați acest argument pentru fiecare țintă de care aveți nevoie. Implicit: the
valoarea „default_targets” în fișierul de configurare; „toate” dacă nu este dat.

Câteva ținte de interes:

toate metode care sunt GPL sau redistribuibile către entități necomerciale

facultativ
metode care nu se încadrează în toate

Consultați /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk pentru o listă de ținte ("Utilizați sursa
Luca").

-v, --versiune
Versiunea pachetului tipărit

-w, --work-dir
Director de lucru, opțional

Baza de date Opțiuni
--bigblastdb
Calea către baza de date cuprinzătoare de explozie

--big80blastdb
Calea către baza de date cuprinzătoare de explozie la un nivel de redundanță de identitate a secvenței de 80%.

--pfam2db
Baza de date Pfam v2, de ex Pfam_ls

--pfam3db
Baza de date Pfam v3, de ex Pfam-A.hmm

--prodomblastdb
Învechit. Acest argument este păstrat doar pentru a menține compatibilitatea cu versiunile mai vechi.

--prositedat
Calea către fișierul „prosite.dat”, vezi


--prositeconvdat
Calea către fișierul `prosite_convert.dat', vezi


--swissblastdb
Calea către baza de date SwissProt

Cache legate de Opțiuni
--acl, --setacl
Setați liste de control al accesului. Listele de control acces sunt setate în cazul în care rezultatele sunt
stocate în cache. Această opțiune este ineficientă altfel. Toate ACL-urile anterioare sunt
pierdut - fără fuziune. Bitul de citire controlează capacitatea de navigare a rezultatelor. Alte biți nu sunt
folosit. De exemplu

u:lkajan:4,u:gyachdav:4,g:lkajan:4,o::0

--cache-merge
--nocache-merge
Îmbinați/nu îmbinați rezultatele în cache. --cache-merge reutiliza rezultatele deja în cache;
aceasta se întoarce --use-cache pornit automat. --cache-merge este incompatibil cu
--force-cache-store.

--nocache-merge este implicit DĂCÂN CÂND

· --use-cache este pornit și

· --noforce-cache-store este în vigoare și

· --ţintă se folosește și

· memoria cache nu este goală

--cache-merge este ignorat în tăcere în cazul în care memoria cache este goală.

--force-cache-store
--noforce-cache-store
Activați/dezactivați forțarea stocării rezultatelor în cache. implică --use-cache. Mod implicit:
--noforce-cache-store

cu --noforce-cache-store când predictprotein găsește rezultate în cache, pur și simplu preia
le din cache și nu face nicio procesare (chiar dacă rezultatele sunt incomplete). Cu
--force-cache-store predictprotein nu preia nimic din cache, dar o face
stocați rezultatele, înlocuind complet ceea ce a fost stocat în cache.

--force-cache-store este incompatibil cu --cache-merge.

--use-cache
--nouse-cache
Folosiți/nu folosiți memoria cache pentru rezultatele predictprotein. Mod implicit: --nouse-cache.

Opțiunea „use_cache” poate fi dată în fișierele de configurare pentru a înlocui implicit.

ERORI

253 Secvența este prea lungă, vezi --numresmax

254 Secvența este prea scurtă, mai scurtă decât lungimea minimă cerută de prof. Vedea
--profnumresmin.

EXEMPLE

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp --target query.profRdb --target loctree3

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --output-dir /tmp/pp

Cache exemple
Stocați rezultatele în cache, nu vă pasă de stocarea fișierelor --output-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7

Dacă nu se află în memoria cache, în caz contrar, preluați rezultatele din cache în --output-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7 --output-dir /tmp/pp

MEDIUL

PREDICTPROTEINCONF
Locația fișierului de configurare predictproteinrc de utilizat, suprascriind alte configurații
fișiere

Utilizați predictprotein online folosind serviciile onworks.net