Aceasta este comanda proteinortho5 care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
proteinortho5 - instrument de detectare a ortologiei
REZUMAT
proteinorto5 [OPŢIUNI] FASTA1 FASTA2 [RAPID...]
DESCRIERE
Proteinortho este un instrument de sine stătător care este orientat spre seturi mari de date și care îl utilizează
tehnici de calcul distribuite atunci când sunt executate pe hardware multi-core. Implementează o
versiunea extinsă a celei mai bune euristice de aliniere reciprocă. Proteinortho a fost aplicat la
calculează proteinele ortologe în setul complet al tuturor celor 717 genomi eubacterian disponibili
la NCBI la începutul anului 2009. Autorii au reușit să identifice treizeci de proteine prezente în
99% din toți proteomii bacterieni.
OPŢIUNI
-e= Valoarea E pentru explozie [implicit: 1e-05]
-p= program de explozie {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [implicit: blastp+]
-proiect=
prefix pentru toate numele fișierelor cu rezultate [implicit: proiectul meu]
-sintenie
activați extensia PoFF pentru a separa secvențele similare în funcție de adiacențele contextuale
(necesită .gff pentru fiecare .fasta)
-dups= PoFF: numărul de reiterări pentru adiacențele euristice, pentru a determina duplicat
regiuni (implicit: 0)
-cs= PoFF: dimensiunea unui subșir comun maxim (MCS) pentru potrivirile de adiacență (implicit: 3)
-alfa=
PoFF: greutatea adiacentelor față de asemănarea secvenței (implicit: 0.5)
-desc scrieți fișiere de descriere (doar pentru intrarea NCBI FASTA)
-a pastra stochează rezultatele exploziei temporare pentru reutilizare
-forta forțează recalcularea rezultatelor de suflare în orice caz
-cpus= numărul de procesoare de utilizat [implicit: automat]
-autoblast
aplica selfblast, detecteaza paralogii fara ortologi
-single
raportați genele singleton fără nicio lovitură
-identitate=
min. procent de identitate a celor mai bune lovituri explozive [implicit: 25]
-cov= min. acoperirea celor mai bune aliniamente de explozie în % [implicit: 50]
-conn= min. conectivitate algebrică [implicit: 0.1]
-sim= min. similaritate pentru accesări suplimentare (0..1) [implicit: 0.95]
-pas= 1 -> generați indici 2 -> run blast (și ff-adj, dacă -sintenie este setat) 3 ->
clustering 0 -> all (implicit)
-blastpath=
calea către explozia locală (dacă nu este instalată la nivel global)
-verbos
te ține la curent cu progresul
-curat eliminați toate fișierele inutile după procesare
-grafic generați fișiere .graph (relații de ortologie în perechi)
- depanare oferă informații detaliate pentru urmărirea erorilor
Parametrii de explozie mai specifici pot fi definiți prin
-blastParameters=„[parametri]” (de ex -blastParameters='-seg nu')
În cazul în care lucrările ar trebui distribuite pe mai multe mașini, utilizați
-startat= Numărul fișierului cu care începe (implicit: 0)
-stopat= Numărul fișierului cu care să se termine (implicit: -1)
Utilizați proteinortho5 online folosind serviciile onworks.net