Aceasta este comanda sak care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
sak - Tăierea și tăierea în bucăți a fișierelor FASTA/FASTQ..
REZUMAT
sak [OPȚIUNI] [\Bo OUT.{fa,fq}] IN.{fa,fq}
DESCRIERE
„Tăie, taie cubulețe și face rufele!”
Rescrie instrumentului original SAK de Manuel Holtgrewe.
-h, --Ajutor
Afișează acest mesaj de ajutor.
--versiune
Afișează informații despre versiune
Opțiuni de ieșire:
-o, --out-cale FASTX
Calea către fișierul rezultat. Dacă este omis, rezultatul este tipărit în stdout. Folosiți fișiere
care se termină în .fq sau . pentru a scrie FASTQ. Tipurile de fișiere valide sunt: .fq, .fastq, .fa,
.fasta, .faa, .ffn, .fna și .frn.
-rc, --revcomp
Ieșire de complement invers.
-l, --lungime maxima LEN
Numărul maxim de caractere de secvență de scris.
Opțiuni de filtrare:
-s, --secvenţă NUM
Selectați secvența dată pentru extragerea prin index bazat pe 0.
-sn, --nume-secvență NUME
Selectați secvența cu prefixul numelui fiind NUME.
-ss, --secvente GAMA
Selectați secvențele de la-la unde de la și până sunt indici bazați pe 0.
-i, --infix GAMA
Selectați caracterele de la-la unde de la și până sunt indici bazați pe 0.
-ll, --lungimea liniei LEN
Setați lungimea liniei în fișierul de ieșire. Consultați secțiunea Lungimea liniei pentru detalii. In raza de actiune
[-1..inf].
Lungimea liniei
Puteți utiliza setarea --lungimea liniei pentru setarea lungimii liniei rezultate. De
implicit, secvențele din fișierele FASTA sunt scrise cu cel mult 70 de caractere pe linie
iar secvențele din fișierele FASTQ sunt scrise fără întreruperi de linie. Calitatea
secvența din fișierul FASTQ este scrisă în același mod ca și secvența de reziduuri.
Valoarea implicită este selectată cu a --lungimea liniei Valoarea -1 iar rupturile de linie pot fi
dezactivat cu o valoare de 0.
EXEMPLE DE UTILIZARE
SAK -s 10 IN.fa
Decupați a 11-a secvență din IN.fa și scrieți în stdout ca FASTA.
SAK -ss 10-12 -ss 100-200 IN.fq
Decupați a 11-a până la a 12-a inclusiv și a 101-a până la a 199-a secvență inclusiv
de la IN.fq și scrieți la stdout ca FASTA.
VERSIUNE
Sak versiune: 0.2 Ultima actualizare noiembrie 2012
Utilizați sak online folosind serviciile onworks.net