Aceasta este comanda xplor2gmx care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
xplor2gmx - Convertiți restricțiile de distanță XPLOR în format Gromacs
REZUMAT
xplor2gmx (reziduu decalaj) intrare.pdb
DESCRIERE
xplor2gmx citește un fișier de intrare XPLOR cu date de reținere a distanței, așa cum se găsește uneori în
baza de date pdb (http://www.pdb.org). Din acest fișier de intrare ar trebui să fie restricții diedrice
eliminate, astfel încât să rămână doar restricții de distanță. Scriptul poate gestiona ambiguitatea
constrângeri. Convertește restricțiile de distanță în format GROMACS.
Un fișier de restricții (.dat) trebuie furnizat pe STDIN și un fișier de ieșire adecvat (.itp) este
trimis la STDOUT.
EXEMPLE
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restrictions.dat > disre.itp
OPŢIUNI
xplor2gmx necesită două opțiuni de linie de comandă: în primul rând, offset-ul reziduului (întreg); al doilea,
numele fișierului .pdb. Fișierul pdb trebuie să aibă numere de atomi corecte.
Utilizați xplor2gmx online folosind serviciile onworks.net