Aceasta este aplicația Linux numită BIRAP a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca Sample_Files.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită BIRAP cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CAPTURĂ DE ECRAN:
BIRAP
DESCRIERE:
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) este o conductă Perl cu sursă deschisă, ușor de utilizat, care poate fi utilizată pentru a re-adnota genomurile bacteriene folosind date experimentale. Instrumentul integrează profilul de expresie derivat din ARN-seq și/sau proteogenomică, îl compară cu adnotarea in silico existentă și ajută la validarea adnotărilor, la identificarea unor noi regiuni de codificare a proteinelor, a ARN-ului necodificare presupus, precum și la corectarea erorilor din adnotarea existentă. . Conducta necesită ieșire „pileup” de la SAMtools pentru datele ARN-seq și fișierul de locus peptidă/ePST (GFF) din instrumentul Proteogenomic Mapping pentru datele proteogenomice împreună cu genomul și adnotarea in silico existentă. Atunci când sunt furnizate informații cu privire la locusul promotorilor și terminatorilor din genom (în format .coords), conducta va ajuta, de asemenea, la identificarea ARN-ului necodant.
DESCRIERE
- analiza regiunii intergenice a genomurilor bacteriene
- re-anotarea genomurilor bacteriene
- detectarea ARNs mic (ARNs).
- ARN-seq
- Proteogenomica
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal, linie de comandă
Limbaj de programare
Perl
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/birap/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.