Aceasta este aplicația Linux numită codonPhyML care rulează în Linux online, a cărei cea mai recentă versiune poate fi descărcată ca codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită codonPhyML pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CAPTURĂ DE ECRAN:
codonPhyML să ruleze online în Linux
DESCRIERE:
codonPhyML folosește modele de codon markovian de evoluție în reconstrucția filogeniei. Având în vedere un set de specii caracterizate prin secvențele lor de ADN ca intrare, codonPhyML va returna arborele filogenetic care descrie cel mai bine relația lor evolutivă. Lucrarea noastră care descrie codonPhyML a fost publicată în revista „Molecular Biology and Evolution” (MBE). Pentru mai multe detalii, urmați linkul: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML este pe coperta MBE! Verificați acest lucru (august 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Pentru versiunea multimodel a CodonPhyML, vă rugăm să utilizați codul tarball „codonphyml_multi.tgz”.
Categorii
- Modele de codon markovian de evoluție: Goldman și Yang 1994, Muse și Gaut 1994, Kosiol și colab. 2007, Schneider și colab. 2005, Yap și colab. 2010
- Euristică de căutare a topologiei arborelui NNI și SPR
- parametrii ratei de substituție estimați prin probabilitate maximă
- suport multicore prin OpenMP
- probabilitate comparabilă între diferite modele (adică AA, NT și CODON)
Public
Știință/Cercetare, Educație
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal, linie de comandă
Limbaj de programare
C
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.