Aceasta este aplicația Linux numită GEPETTO - Gene Prioritization in Java a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca README.txt. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită GEPETTO - Gene Prioritization în Java cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CAPTURĂ DE ECRAN:
GEPETTO - Prioritizarea genelor în Java
DESCRIERE:
GEPETTO (GEne PrioriTization ExTended TOol) este un cadru original open-source, distribuit sub licența LGPL, pentru selecția și prioritizarea genelor pe un computer desktop care asigură confidențialitatea datelor personale. Acesta profită de capacitățile de integrare a datelor din cadrul SM2PH-Central Framework (KD4v,MSV3d,BIRD,..), combinate cu metodele de prioritizare a genelor dezvoltate intern. În prezent, încorporează șase module de prioritizare, bazate pe secvența genelor, interacțiunile proteină-proteină, expresia genelor, probabilitățile cauzatoare de boli, contextul genomic).
GEPETTO este scris în Java/Python și susținut de o arhitectură modulară avansată, ceea ce înseamnă că poate fi ușor modificat și extins de către utilizator, pentru a include metode alternative de scoring și noi surse de date. Intenționăm să extindem sistemul de la prioritizarea la nivel de genă la nivel de variantă, prin exploatarea datelor variante din baza de date MSV3D.
Contact: bmhoan@gmail.com or walter.vincent.fr@gmail.com
Public
Știință/Cercetare, Educație, Dezvoltatori
Interfața cu utilizatorul
Bazat pe web, Consolă/Terminal, Linie de comandă
Limbaj de programare
Python, Java, S/R
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/gepetto/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.