Aceasta este aplicația Linux numită ISVASE a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca ISVASE1.1.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită ISVASE cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CAPTURĂ DE ECRAN:
ISVASE
DESCRIERE:
Pentru a genera mARN-uri mature corecte, exonii trebuie identificați și uniți împreună precis și eficient prin mecanismul de îmbinare a ARN. Trebuie remarcat faptul că aproximativ o treime sau jumătate din toate mutațiile care cauzează boli afectează splicing-ul ARN. Cu toate acestea, există puține instrumente bioinformatice pentru a identifica direct variantele de secvență asociate cu evenimentele de îmbinare (SVASE) pe baza datelor ARN-seq. Am dezvoltat ISVASE, un instrument simplu și convenabil pentru identificarea SVASE direct folosind datele ARN-seq. În comparație cu software-ul existent PVAAS, metoda noastră are mai multe avantaje, cum ar fi filtre stricte dependente de reguli și filtre statistice în fiecare pas, variante de secvență de detectare pentru evenimente de îmbinare cunoscute, variante de secvență de identificare în două părți ale îmbinării (joncțiunea) separat, schimbarea joncțiunii de detectare evenimente dacă furnizează adnotări de îmbinare cunoscute, evaluarea semnalului de îmbinare, compararea cu mutația ADN-ului cunoscută și/sau datele de editare a ARN și timp scurt de funcționare.
DESCRIERE
- Este primul instrument de identificare a variantei de secvență asociată cu evenimentul de îmbinare atât pentru variantele noi de îmbinare, cât și pentru variantele de îmbinare cunoscute.
- ISVASE identifică mai întâi variantele de secvență pentru fiecare variantă de îmbinare, apoi identifică variantele de secvență pentru toate variantele de îmbinare aferente (același început sau sfârșit de joncțiune) pentru analiza comparativă și testul statistic.
- ISVASE identifică și judecă variantele de secvență pentru ambele părți ale joncțiunii separat, ceea ce poate distinge și mai mult efectul variantelor de secvență pentru diferite părți ale joncțiunii.
- ISVASE aplică mai multe filtre stricte care depind de reguli și filtre statistice în diferiți pași.
- ISVASE ia în considerare evenimentele de schimbare a joncțiunii și semnalele de joncțiune (5' ss și 3' ss) pentru a elimina variantele false de îmbinare.
- ISVASE poate utiliza mutația ADN-ului furnizată de utilizator și datele de editare a ARN pentru a desemna tipul sursă al variantelor de secvență.
- ISVASE obține o secvență de flancare a variantelor de secvență pentru căutarea motivului de amplificator de îmbinare exonic.
- ISVASE poate converti fișierul implicit al variantei secvenței în fișierul format de intrare ANNOVAR pentru adnotarea variantei.
- ISVASE folosește 8 figuri pentru a arăta caracteristicile variantelor de secvență asociate cu evenimentele de îmbinare.
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Perl
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/isvase/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.