Aceasta este aplicația Linux numită locusvu, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca LocusVu.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită locusvu pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CAPTURĂ DE ECRAN:
locusvu să ruleze în Linux online
DESCRIERE:
LocusVu este un nou instrument software bazat pe Java care acceptă o listă de loci genomici (poziții pe cromozom) ca intrare și automatizează preluarea informațiilor aferente (bandă citogenetică, numele genei, date OMIM etc.) din bazele de date publice, cum ar fi browserul genomului UCSC Bază de date. Apoi permite fluxuri de lucru multiple asupra rezultatelor preluate, cum ar fi compararea mai multor seturi de date (genomică comparativă), vizualizarea genelor învecinate pentru un loci din interiorul instrumentului în sine sau reprezentarea grafică a acestor rezultate în diagrame cu bare / piese. LocusVu are o interfață grafică simplă, ușor de utilizat, care permite interacțiunea intuitivă a utilizatorului cu logica de bază.Instrumentul poate fi extins cu ușurință pentru a adăuga suport pentru alte baze de date (de exemplu, Ensembl) sau pentru a prelua informații
din alte tabele din baza de date. Astfel, LocusVu oferă un cadru de bază care poate fi utilizat atât de utilizatori, cât și de dezvoltatori, pentru a simplifica fluxurile de lucru existente și pentru a crea altele mai noi pentru a sprijini analiza datelor în genomică.
DESCRIERE
- Automatizează preluarea datelor din baze de date (în prezent baza de date a browserului genomului UCSC)
- Permite fluxuri de lucru pe rezultatele preluate, cum ar fi...
- ..comparând mai multe seturi de date (genomică comparativă)
- ..vezi genele vecine pentru un locus (din interiorul instrumentului în sine)
- ..reprezentați grafic rezultatele (diagrame cu bare / piese)
- GUI ușor de utilizat pe front-end pentru o utilizare intuitivă
- Logare cu Log4j pentru depanare ușoară
- Ușor extensibil
Public
Știință/Cercetare, Dezvoltatori
Interfața cu utilizatorul
Java Swing
Limbaj de programare
Java
Mediul bazei de date
MySQL
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de pe https://sourceforge.net/projects/locusvu/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.