Aceasta este aplicația Linux numită PTESFinder a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca ptesfinder_v1.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită PTESFinder cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
PTESFinder
DESCRIERE:
PTESFinder este o conductă de calcul pentru identificarea evenimentelor de amestecare a exonilor post-transcripțional din datele RNAseq de mare capacitate. PTESFinder folosește puterea instrumentelor RNASeq consacrate și exclude în mod sistematic toate clasele cunoscute de structuri fals pozitive prin aplicarea unor filtre stricte concepute pentru a viza în mod specific aceste fals pozitive. PTESFinder compară calitățile de aliniere ale cartografierii citirilor cu structurile PTES presupuse cu calitățile acelorași citiri atunci când sunt mapate în regiuni genomice și transcrieri îmbinate canonic. Această abordare crește încrederea în citirile care suportă PTES. Citirile care provin din evenimentele de schimbare a șablonului sunt adesea caracterizate de indeluri mari atunci când sunt aliniate la transcriptom. PTESFinder folosește filtre suplimentare pentru a exclude citirile cu aliniamente ambigue în jurul joncțiunilor exon-exon PTES, crescând și mai mult încrederea în aceste citiri de sprijin. PTESFinder identifică mai multe structuri PTES decât alte metode publicate, menținând în același timp o specificitate ridicată.
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
Shell Unix, Java
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.