Aceasta este aplicația Linux numită RGAAT a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca RGAAT.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită RGAAT cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
CAPTURĂ DE ECRAN:
RGAAT
DESCRIERE:
Acest program poate asambla și/sau adnota genomul pentru genom nou și actualizarea genomului cunoscut folosind fișierul de aliniere a secvenței (format SAM sau BAM), fișierul variantei secvenței (formatul VCF sau tabelul cu cinci coloane (delimitat de tabulatori, inclusiv cromozom, poziție, id, referință). alele și alele alternative)) sau un nou fișier de secvență a genomului (format FASTA) bazat pe fișierul de secvență a genomului de referință (formatul FASTA) și fișierul de adnotare (formatul TBL, GTF, GFF, GFF3 sau BED).
DESCRIERE
- identificarea variației secvenței
- construirea secvenței consensului genomului
- modificarea genomului
- compararea genomului
- adnotarea genomului
- construirea conversiei coordonatelor genomului între diferite versiuni de asamblare a genomului
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Perl
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/rgaat/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.