Aceasta este aplicația Windows numită NGSEP a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca NGSEPwindows_4.1.0.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită NGSEP cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți orice emulator online OS OnWorks de pe acest site, dar mai bun emulator online Windows.
- 5. Din sistemul de operare Windows OnWorks pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația și instalați-o.
- 7. Descărcați Wine din depozitele de software ale distribuțiilor Linux. Odată instalat, puteți apoi să faceți dublu clic pe aplicație pentru a le rula cu Wine. De asemenea, puteți încerca PlayOnLinux, o interfață elegantă peste Wine, care vă va ajuta să instalați programe și jocuri populare Windows.
Wine este o modalitate de a rula software-ul Windows pe Linux, dar fără a fi necesar Windows. Wine este un strat de compatibilitate Windows open-source care poate rula programe Windows direct pe orice desktop Linux. În esență, Wine încearcă să reimplementeze suficient Windows de la zero, astfel încât să poată rula toate acele aplicații Windows fără a avea nevoie efectiv de Windows.
CAPTURĂ DE ECRAN:
NGSEP
DESCRIERE:
NGSEP este un cadru integrat pentru analiza datelor de secvențiere a ADN-ului de mare capacitate. Principala utilizare a NGSEP este construirea și analiza în aval a unor seturi mari de date ale variației genomice. NGSEP efectuează detectarea și genotiparea precisă a variantelor de nucleotidă unică (SNV), indels mici și mari, repetări scurte în tandem (STR), inversări și variante de număr de copiere (CNV). NGSEP oferă, de asemenea, module pentru adnotare funcțională, filtrare, conversie de format, comparare, grupare, imputare, analiză de introgresie și diferite tipuri de statistici. O listă completă de funcționalități este disponibilă în wiki-ul nostru (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
ȘTIRI: Tocmai am pus la dispoziție prima versiune a asamblatorului nostru de genomi de-novo. Mai multe detalii sunt disponibile pe wiki.
DESCRIERE
- Ansamblu de genom de-novo
- Alinierea citirilor brute la un genom de referință
- Detectarea SNP-urilor, CNV-urilor și a variantelor structurale
- Manipulare VCF: adnotare funcțională, îmbinare, filtrare, comparare, conversie de format, imputare
- Citește Demultiplexing
- Alinierea ansamblurilor de genom adnotate
- Statistici și filtrare pe annptările transcriptomului în format GFF3
Public
Industria sănătății, știință/cercetare, alt public, agricultură
Interfața cu utilizatorul
Java SWT, Consolă/Terminal, Eclipse
Limbaj de programare
Java
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/ngsep/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.