Это команда alien_hunter, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
alien_hunter - Интерполированные мотивы переменного порядка для идентификации по горизонтали
приобретенная ДНК
СИНТАКСИС
чужой_охотник [Опции]
ОПИСАНИЕ
Alien_hunter - это приложение для прогнозирования предполагаемой горизонтальной передачи генов.
(HGT) события с реализацией Interpolated Variable Order Motifs (IVOM). An
Подход IVOM использует композиционные искажения с использованием распределений мотивов переменного порядка и
более надежно фиксирует локальную композицию последовательности по сравнению с фиксированным порядком
методы. По желанию, прогнозы могут быть проанализированы в скрытый марковский алгоритм 2-го порядка с двумя состояниями.
Модель (HMM) в структуре обнаружения точек изменения для оптимизации локализации
границы прогнозируемых регионов. Прогнозы (формат embl) могут быть автоматически
загружается в программу просмотра генома Artemis, которая находится в свободном доступе по адресу:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
ВВОД: необработанная геномная последовательность. ПРОГНОЗ: области HGT на основе интерполированного порядка переменных.
Мотивы (IVOM) аргументы:
необработанная геномная последовательность
имя файла для выходных данных
Дополнительные аргументы:
-a для загрузки файла прогноза в Artemis
-c оптимизировать прогнозируемые границы с помощью обнаружения точки изменения 2 состояния HMM 2-го порядка
Выходные файлы:
прогнозы (файл вкладки) в формате embl
.opt
оптимизированные (HMM) прогнозы (файл вкладки) в формате embl
.участок
прогнозы в формате Artemis User Plot для загрузки вручную с помощью Graph -> Add
Пользовательский график ...
.opt.plot
оптимизированные (HMM) прогнозы в формате Artemis User Plot для загрузки вручную с помощью
График -> Добавить график пользователя ...
.sco
баллы по всем скользящим окнам - для проверки распределения баллов
Примечание: прогнозы, которые перекрываются с опероном рРНК, упоминаются в квалификаторе примечания.
Используйте alien_hunter онлайн с помощью сервисов onworks.net