Это команда andi, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
andi - оценивает эволюционное расстояние
СИНТАКСИС
Andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m МОДЕЛЬ] [-t INT] FILES...
ОПИСАНИЕ
Andi оценивает эволюционное расстояние между близкородственными геномами. Для этого Andi
читает входные последовательности из ФАСТА files и вычисляет попарное расстояние привязки. В
идея, лежащая в основе этого, объясняется в статье Haubold et al. (см. ниже).
ВЫВОД
На выходе получается симметричная матрица расстояний в ФИЛИП формат, где каждая запись представляет
расхождение с положительным действительным числом. Нулевое расстояние означает, что две последовательности
идентичны, тогда как другие значения являются оценками скорости нуклеотидных замен (Jukes-
Кантор поправил). По техническим причинам сравнение может быть неудачным, и оценка не может быть
вычислено. В таких случаях бабушка печатается. Это либо означает, что входные последовательности были
слишком короткие (<200 б.п.) или слишком разные (K> 0.5) для того, чтобы наш метод работал должным образом.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-б, --бутстрап
Вычислить несколько матриц расстояний с п-1 загрузился с первого раза. Увидеть
статья Klötzl & Haubold (2016, в обзоре) для подробного объяснения.
-j, --присоединиться
Используйте этот режим, если каждый из ваших ФАСТА файлы представляют собой одну сборку с множеством
контиги. Andi затем будет рассматривать все содержащиеся в файле последовательности как один
геном. В этом режиме через командную строку должно быть указано хотя бы одно имя файла.
аргументы. Для вывода имя файла используется для идентификации каждой последовательности.
-l, --мало памяти
В многопоточном режиме Andi требует памяти, линейно зависящей от количества потоков. В
режим низкой памяти изменяет это на постоянную потребность независимо от используемого числа
ниток. К сожалению, это требует значительных затрат времени выполнения.
-m, --модель
Поддерживаются различные модели эволюции нуклеотидов. По умолчанию Jukes-Cantor
исправление используется.
-p
Значение якорной пары; по умолчанию: 0.05.
-t
Количество используемых потоков; по умолчанию используются все доступные процессоры.
Многопоточность доступна, только если Andi был скомпилирован с поддержкой OpenMP.
-v, --подробный
Печатает дополнительную информацию. Применяйте несколько раз для дополнительной многословности.
-h, --Помогите
Печатает синопсис и объяснение доступных опций.
--версия
Выводит информацию о версии и подтверждения.
АВТОРСКИЕ ПРАВА
Авторские права © 2014, 2015 Fabian Klötzl Лицензия GPLv3 +: GNU GPL версии 3 или более поздней.
Это бесплатное программное обеспечение: вы можете изменять и распространять его. НЕТ ГАРАНТИИ,
в пределах, разрешенных законом. Полный текст лицензии доступен по адресу
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
Авторы
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. и Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Быстро и точно
оценка эволюционных расстояний между близкородственными геномами
2) Алгоритмы: Охлебуш Э. (2013). Алгоритмы биоинформатики. Анализ последовательности, геном
Перестройки и филогенетическая реконструкция. стр. 118f.
3) Конструкция SA: Мори Ю. (2005). Краткое описание улучшенного двухступенчатого суффикса
алгоритм сортировки. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Используйте andi онлайн с помощью сервисов onworks.net