Это команда bp_run_protdist.plp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
run_neighbor - запускать программу Phylip protdist через Bioperl
СИНТАКСИС
run_protdist [-i входной файл] [-o имя файла]
ОПИСАНИЕ
Предоставьте файл выравнивания для запуска protdist. Файл должен называться .aln или .phy.
Это необходимо для того, чтобы мы могли определить, нужно ли преобразовывать выравнивание clustalw в
филлип. Вы можете расширить скрипт для работы с другими форматами MSA, которые Bioperl
поддерживает. Это предназначено для использования в очень простых ручных конвейерах.
Входной файл должен быть назван в виде file.phy или file.aln, программа ожидает
файл в виде (\ S +) \. (\ S +).
Это запустит приложение protdist, использующее формулу KIMURA для создания белка.
матрица расстояний. Те, у кого есть phylip3.6, захотят внести некоторые изменения, если они захотят использовать
JTT. Я рад помочь добавить это в качестве аргумента командной строки, если он потребуется.
Используйте bp_run_protdist.plp в Интернете с помощью сервисов onworks.net