Это команда ecoPCR, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
ecoPCR - поиск гибридов последовательностей и таксономии с заданными праймерами
СИНТАКСИС
экоПЦР [опции] <нуклеотидный узоры>
ОПИСАНИЕ
ecoPCR - это программное обеспечение для электронной ПЦР, разработанное LECA и Helix-Project. Это помогает
оценить качество грунтовок для штрих-кодов.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-a : Концентрация соли в M для вычисления Tm (по умолчанию 0.05 M)
-c : Учтите, что последовательности базы данных [c] неправильные
-d : [D] atabase: чтобы соответствовать ожидаемому формату, база данных
должен быть сформирован сначала формат экоПЦР(1) программа. формат экоПЦР(1) создает
три типа файлов:
.sdx: содержит последовательности
.tdx: содержит информацию о таксономии
.rdx: содержит ранг таксономии
Для ecoPCR нужны файлы всех типов. В итоге приходится писать радикальную базу данных
без какого-либо расширения. Например / ecoPCRDB / gbmam
-D : Сохраняет указанное количество нуклеотидов на каждой стороне in silico.
амплифицированные последовательности (включая амплифицированный фрагмент ДНК плюс две мишени
последовательности праймеров).
-e : [E] rror: максимальное количество ошибок, допускаемых олигонуклеотидом (по умолчанию 0)
-h : [H] elp - распечатать помощь
-i : [I] gnore данный идентификатор таксономии.
Идентификаторы таксономии доступны с помощью программы ecofind. см. его помощь, набрав ecofind
-h чтобы получить больше информации.
-k : [K] ingdom mode: установить режим королевства
режим супер королевства по умолчанию.
-l : минимум [L] длина: задайте минимальную длину амплификации.
-L : maximum [L] ength: определить максимальную длину амплификации.
-m : Метод поправки на содержание соли для вычисления Tm (SANTALUCIA: 1
или OWCZARZY: 2, по умолчанию = 1)
-r : [R] ограничивает поиск заданным таксономическим идентификатором.
Идентификаторы таксономии доступны с помощью программы ecofind. см. его помощь, набрав ecofind
-h чтобы получить больше информации.
первый аргумент: олигонуклеотид для прямой цепи
второй аргумент: олигонуклеотид для обратной цепи
Описание результата таблицы:
столбец 1: инвентарный номер
столбец 2: длина последовательности
столбец 3: таксономический идентификатор
столбец 4: ранг
столбец 5: таксономический идентификатор вида
столбец 6: научное название
столбец 7: таксономический идентификатор рода
столбец 8: название рода
столбец 9: таксономический идентификатор семейства
столбец 10: фамилия
столбец 11: таксономический идентификатор супер-королевства
столбец 12: название супер королевства
столбец 13: прядь (прямая или обратная)
столбец 14: первый олигонуклеотид
столбец 15: количество ошибок для первой цепочки
столбец 16: Tm для гибридизации праймера 1 на этом сайте
столбец 17: второй олигонуклеотид
столбец 18: количество ошибок для второй цепочки
столбец 19: Tm для гибридизации праймера 1 на этом сайте
столбец 20: длина усиления
столбец 21: последовательность
столбец 22: определение
Используйте ecoPCR онлайн с помощью сервисов onworks.net