Это команда gmx-helix, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-helix - Расчет основных свойств альфа-спиралей
СИНТАКСИС
GMX спираль [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-че [<.gro / .g96 / ...>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-[Теперь] [-R0 ] [- [нет] д] [- [нет] F]
[- [нет] дб] [- [нет] ев] [-ahxstart ] [-ахсенд ]
ОПИСАНИЕ
GMX спираль вычисляет все виды свойств спирали. Сначала проверяется пептид, чтобы найти
самая длинная спиральная часть, определяемая водородными связями и углами phi / psi. Этот бит
подогнан к идеальной спирали вокруг z-оси с центром в исходной точке. Тогда
вычисляются следующие свойства:
· Радиус спирали (файл радиус.xvg). Это просто среднеквадратичное отклонение в двух измерениях.
для всех атомов Calpha. он рассчитывается как sqrt ((sum_i (x ^ 2 (i) + y ^ 2 (i))) / N), где N -
количество основных атомов. Для идеальной спирали радиус составляет 0.23 нм.
· Twist (файл твист.xvg). Рассчитывается средний винтовой угол на остаток. Для
альфа-спираль 100 градусов, для 3-10 спиралей будет меньше, а для 5-спиралей
он будет больше.
· Повышение на остаток (файл рост.xvg). Спиральный подъем на остаток отображается как
разница в z-координата между атомами Calpha. Для идеальной спирали это 0.15 нм.
· Общая длина спирали (файл лен-ahx.xvg). Общая длина спирали в нм. Это
просто средний подъем (см. выше), умноженный на количество спиральных остатков (см. ниже).
· Спиральный диполь, только магистраль (файл дип-ahx.xvg).
· Среднеквадратичное отклонение от идеальной спирали, рассчитанное только для атомов Calpha (файл
rms-ahx.xvg).
· Средний двугранный угол Calpha - Calpha (файл фи-ahx.xvg).
· Средние значения углов фи и пси (файл фипси.xvg).
· Эллиптичность при 222 нм по Херсту и Бруксу.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
-n [<.ndx>] (индекс.ndx)
Индексный файл
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
Параметры для указания выходных файлов:
-че [<.gro / .g96 / ...>] (zconf.gro)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-R0 (1)
Номер первого остатка в последовательности
- [нет] д (Нет)
Проверяйте на каждом шаге, какая часть последовательности является спиральной.
- [нет] F (да)
Выберите идеальную спираль
- [нет] дб (Нет)
Печать отладочной информации
- [нет] ев (Нет)
Напишите новый файл траектории для ED
-ahxstart (0)
Первый остаток в спирали
-ахсенд (0)
Последний остаток спирали
Используйте gmx-helix онлайн с помощью сервисов onworks.net