gmx-pdb2gmx - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-pdb2gmx - преобразование файлов координат в файлы координат, совместимые с топологией и FF.

СИНТАКСИС

gmx pdb2gmx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-p [<.top>]]
[-i [<.itp>]] [-n [<.ndx>]] [-q [<.gro / .g96 / ...>]]
[-цепочка ] [-слияние ] [-FF. ]
[-вода ] [- [нет] интер] [- [нет] сс] [- [нет] тер]
[- [нет] лиз] [- [нет] аргумент] [- [нет] жерех] [- [нет] глю] [- [нет] gln]
[- [нет] его] [-угол ] [-расстояние ] [- [нет] уна]
[- [нет] ignh] [- [нет] отсутствует] [- [нет] v] [-posrefc ]
[-всайт ] [- [нет] тяжелый] [- [нет] дейтерат]
[- [нет] chargegrp] [- [нет] cmap] [- [no] renum] [- [no] rtpres]

ОПИСАНИЕ

GMX pdb2gmx читает .pdb (или .гро), читает некоторые файлы базы данных, добавляет атомы водорода в
молекул и генерирует координаты в GROMACS (GROMOS), или опционально .pdb, формат и
топология в формате GROMACS. Эти файлы впоследствии могут быть обработаны для создания прогона.
входной файл.

GMX pdb2gmx будет искать силовые поля, ища силовое поле.itp файл в
подкаталоги .ff текущего рабочего каталога и библиотеки GROMACS
каталог, полученный из пути к двоичному файлу или ГМXLIB переменная окружения. К
по умолчанию выбор силового поля является интерактивным, но вы можете использовать -FF. возможность указать
вместо этого одно из коротких имен в списке в командной строке. В этом случае GMX pdb2gmx
просто ищет соответствующий .ff каталог.

После выбора силового поля все файлы будут читаться только с соответствующей силы.
каталог полей. Если вы хотите изменить или добавить типы остатков, вы можете скопировать силу
field из каталога библиотеки GROMACS в ваш текущий рабочий каталог. Если
вы хотите добавить новые типы белковых остатков, вам нужно будет изменить Остаточные типы.dat в
каталог библиотеки или скопируйте весь каталог библиотеки в локальный каталог и установите
переменная среды ГМXLIB к имени этого каталога. См. Главу 5 руководства.
для получения дополнительной информации о форматах файлов.

Отметим, что А .pdb файл - это не что иное, как формат файла, и он не обязательно
содержат белковую структуру. Каждый вид молекул, для которых существует поддержка в
база данных может быть преобразована. Если в базе нет поддержки, можно ее добавить
сам.

Программа имеет ограниченный интеллект, она читает ряд файлов базы данных, что позволяет ей
для создания специальных связей (Cys-Cys, Heme-His и др.), при необходимости это можно сделать вручную.
Программа может предложить пользователю выбрать тип остатка LYS, ASP, GLU, CYS или HIS.
желательно. Для Lys выбор между нейтральным (два протона на NZ) или протонированным (три протона на NZ).
протонов, по умолчанию), для непротонированных (по умолчанию) или протонированных Asp и Glu, для His
протон может быть либо на ND1, либо на NE2, либо на обоих. По умолчанию эти выборы сделаны
автоматически. Для His это основано на оптимальной конформации водородной связи.
Водородные связи определяются на основе простого геометрического критерия, определяемого максимальным
угол водород-донор-акцептор и расстояние донор-акцептор, которые устанавливаются -угол и
-расстояние соответственно.

Состояние протонирования N- и C-концов может быть выбрано интерактивно с помощью -тер флаг.
Концы по умолчанию ионизированы (NH3 + и COO-) соответственно. Некоторые силовые поля поддерживают
цвиттерионные формы для цепей из одного остатка, но для полипептидов эти варианты должны
НЕ выбираться. Силовые поля AMBER имеют уникальные формы для конечных остатков, и
они несовместимы с -тер механизм. Вам необходимо указать префикс N- или C-терминала.
имена остатков с буквами "N" или "C" соответственно, чтобы использовать эти формы, убедитесь, что вы сохранили
формат файла координат. В качестве альтернативы можно использовать названные концевые остатки (например,
АСЕ, НМЕ).

Разделение цепочек не совсем тривиально, поскольку разметка в генерируемой пользователем PDB
файлы часто различаются, и иногда желательно объединить записи в TER
запись, например, если вам нужен дисульфидный мостик или ограничение расстояния между двумя
белковые цепи или если у вас есть группа HEME, связанная с белком. В таких случаях несколько
цепочки должны содержаться в одном тип молекулы определение. Чтобы справиться с этим, GMX
pdb2gmx использует два отдельных варианта. Первый, -цепочка позволяет выбрать, когда новый
химическая цепь должна начинаться, и, если применимо, должны быть добавлены концы. Это можно сделать на основе
наличие записей TER при изменении идентификатора цепочки или комбинации одного или обоих
из этих. Вы также можете сделать выбор полностью интерактивно. Кроме того, есть
-слияние опция, которая контролирует, как несколько цепей объединяются в один тип молекулы, после
добавление всех химических концов (или нет). Это можно отключить (без слияния), все
неводные цепи могут быть объединены в одну молекулу, или может быть произведен отбор
интерактивно.

GMX pdb2gmx также проверит поле занятости .pdb файл. Если какой-либо из
заселенности не равны единице, что указывает на то, что атом плохо растворяется в структуре, а
выдается предупреждающее сообщение. Когда .pdb файл не происходит от рентгеновской структуры
определение, что все поля занятости могут быть нулевыми. В любом случае, пользователь должен проверить
правильность вводимых данных (читайте статью!).

Во время обработки атомы будут переупорядочены в соответствии с соглашениями GROMACS. С участием -n an
индексный файл может быть сгенерирован, который содержит одну группу, переупорядоченную таким же образом. Это позволяет
вам необходимо преобразовать траекторию GROMOS и файл координат в GROMOS. Есть одно ограничение:
переупорядочивание выполняется после удаления атомов водорода из входа и перед новым
добавлены водороды. Это означает, что вы не должны использовать -ignh.

The .гро и .g96 форматы файлов не поддерживают идентификаторы цепочек. Поэтому полезно
введите .pdb имя файла в -o вариант, когда вы хотите преобразовать мультицепь .pdb .

Опция -всайт удаляет водород и быстрые неправильные двугранные движения. Угловой и
внеплоскостные движения могут быть устранены путем преобразования водородов в виртуальные сайты и исправления
углы, фиксирующие их положение относительно соседних атомов. Кроме того, все атомы
в ароматических кольцах стандартных аминокислот (например, PHE, TRP, TYR и HIS) могут быть
преобразованы в виртуальные узлы, устраняя быстрые неправильные двугранные колебания в этих
кольца. Внимание что в этом случае все остальные атомы водорода также преобразуются в виртуальные
места. Масса всех атомов, которые превращаются в виртуальные узлы, добавляется к тяжелой
атомы.

Также замедление двугранного движения может быть выполнено с помощью -тяжелых сделано за счет увеличения
водородная масса в 4 раза. Это также делается для водородов, чтобы замедлить
вращательное движение воды. Увеличение массы водорода вычитается из
связанный (тяжелый) атом, так что общая масса системы остается прежней.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.gro / .g96 / ...>] (eiwit.pdb)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.gro / .g96 / ...>] (конф.гро)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно

-p [<.top>] (топол. верх)
Файл топологии

-i [<.itp>] (позре.итп)
Включить файл для топологии

-n [<.ndx>] (чистый.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-q [<.gro / .g96 / ...>] (чистый.pdb) (Опционально)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно

Другие варианты:

-цепочка (id_or_ter)
Условие в файлах PDB, когда должна быть запущена новая цепочка (добавление конца):
id_or_ter, id_and_ter, ter, id, интерактивный

-слияние (Нет)
Объединить несколько цепочек в одну [молекулярный тип]: нет, все, интерактивно

-FF. (Выбрать)
Поле силы, по умолчанию интерактивное. Использовать -h для информации.

-вода (Выбрать)
Используемая модель воды: select, none, spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p

- [нет] интер (Нет)
Установите следующие 8 параметров в интерактивный режим.

- [нет] сс (Нет)
Интерактивный выбор моста SS

- [нет] тер (Нет)
Интерактивный выбор терминала вместо платного (по умолчанию)

- [нет] лиз (Нет)
Интерактивный выбор лизина вместо заряженного

- [нет] аргумент (Нет)
Интерактивный выбор аргинина вместо заряженного

- [нет] жерех (Нет)
Интерактивный выбор аспарагиновой кислоты вместо заряженной

- [нет] глю (Нет)
Интерактивный выбор глутаминовой кислоты вместо заряженной

- [нет] gln (Нет)
Интерактивный выбор глютамина вместо нейтрального

- [нет] его (Нет)
Интерактивный выбор гистидина вместо проверки Н-связей

-угол (135)
Минимальный угол акцептора-донора водорода для водородной связи (градусы)

-расстояние (0.3)
Максимальное расстояние донор-акцептор для Н-связи (нм)

- [нет] уна (Нет)
Выберите ароматические кольца с объединенными атомами CH на фенилаланине, триптофане и
тирозином

- [нет] ignh (Нет)
Игнорировать атомы водорода, которые находятся в файле координат

- [нет] отсутствует (Нет)
Продолжайте, когда атомы отсутствуют, опасно

- [нет] v (Нет)
Будьте более подробными в сообщениях

-posrefc (1000)
Постоянная силы для ограничений положения

-всайт (Нет)
Преобразование атомов в виртуальные узлы: нет, атомы водорода, ароматические соединения

- [нет] тяжелый (Нет)
Сделайте атомы водорода тяжелыми

- [нет] дейтерат (Нет)
Измените массу водорода на 2 а.е.м.

- [нет] chargegrp (да)
Используйте группы начислений в .rtp файл

- [нет] cmap (да)
Используйте торсионы cmap (если они включены в .rtp файл)

- [no] renum (Нет)
Последовательно перенумеровать остатки в выходных данных.

- [no] rtpres (Нет)
Используйте .rtp имена записей как имена остатков

Используйте gmx-pdb2gmx онлайн с помощью сервисов onworks.net