Это команда gmx-polystat, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-polystat - Расчет статических свойств полимеров
СИНТАКСИС
gmx полистат [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-дт ] [-ту ]
[-[Теперь] [-xvg ] [- [нет] мв] [- [нет] шт.]
ОПИСАНИЕ
GMX полистат отображает статические свойства полимеров как функцию времени и печатает
средняя.
По умолчанию он определяет среднее расстояние от конца до конца и радиусы инерции.
полимеры. Он запрашивает индексную группу и разбивает ее на молекулы. Сквозной
Затем определяется расстояние с использованием первого и последнего атома в индексной группе для каждого
молекулы. Для радиуса вращения полная и три главных составляющих для
записан средний тензор гирации. С опцией -v записаны собственные векторы.
С опцией -ПК также средние собственные значения отдельных тензоров гирации равны
написано. С опцией -i записаны среднеквадратичные внутренние расстояния.
С опцией -p определяется продолжительность персистентности. Выбранная индексная группа должна
состоят из атомов, которые последовательно связаны в основных цепях полимера. Настойчивость
длина определяется по косинусу углов между связями с индексом
разница, то есть четная, нечетные пары не используются, потому что прямые полимерные основы
обычно все являются трансгендерными, и поэтому выравнивается только каждая вторая облигация. Продолжительность настойчивости
определяется как количество связей, при котором средний cos достигает значения 1 / e. Этот момент
определяется линейной интерполяцией журнала ( ).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xvg>] (полистат.xvg)
xvgr / xmgr файл
-v [<.xvg>] (polyvec.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-p [<.xvg>] (постоянно.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
- [нет] мв (да)
Используйте массовое взвешивание для радиусов вращения
- [нет] шт. (Нет)
Постройте средние собственные значения
Используйте gmx-polystat в Интернете с помощью сервисов onworks.net