Это команда hmmer2, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
HMMER - программа со скрытым профилем марковской модели
СИНТАКСИС
хм2выравнивание
Совместите несколько последовательностей с профилем HMM.
хмм2билд
Создайте профиль HMM из данного выравнивания нескольких последовательностей.
хмм2калибровать
Определите соответствующие параметры статистической значимости для профиля HMM перед
для выполнения поиска в базе данных.
хмм2конвертировать
Преобразование HMM профиля HMMER в другие форматы, например профили GCG.
хмм2emit
Сгенерируйте последовательности вероятностно из профиля HMM.
хм2fetch
Получить HMM из базы данных HMM
хмм2индекс
Создайте двоичный индекс SSI для базы данных HMM
хм2пфам
Поиск в базе данных профиля HMM с последовательностью (т. Е. Аннотирование различных типов
домены в последовательности запроса).
хмм2поиск
Выполните поиск в базе данных последовательностей с профилем HMM (т. Е. Найдите дополнительные гомологи
лепная семья).
ОПИСАНИЕ
Эти программы используют скрытые в профиле марковские модели (профильные HMM) для моделирования основных
структурный консенсус семейства последовательностей белков или нуклеиновых кислот.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Все ХММЕР программы дают краткое описание синтаксиса командной строки и параметров, если
вызывается без аргументов. При вызове с одним аргументом -h (т.е. помощь), a
программа будет сообщать более подробную информацию об использовании командной строки, включая редко используемые,
экспериментальные и экспертные варианты. -h сообщит номера версий, которые будут полезны, если вы
нужно сообщить мне об ошибке или проблеме.
Каждый ХММЕР Программа имеет собственную страницу руководства, в которой кратко описывается использование командной строки. Там есть
также руководство пользователя, поставляемое с дистрибутивом программного обеспечения, которое включает учебное пособие
введение и более подробные описания программ.
Посмотреть http://hmmer.janelia.org/ для онлайн-документации и текущей версии HMMER.
Как правило, начинающим пользователям не требуются параметры командной строки. По умолчанию
настроены для оптимальной работы в большинстве ситуаций. Параметры в одном нижнем регистре
буквы (например, -a ) являются «общими» вариантами, которые, как ожидается, будут часто использоваться и будут
быть важным во многих приложениях. Параметры, состоящие из одинарных заглавных букв (например, -B )
обычно менее распространены, но также могут быть важны в некоторых приложениях. Параметры
это полные слова (например, --подробный ) либо редко используются, либо являются экспериментальными, либо экспертными
параметры. Некоторые экспериментальные варианты существуют только для моих текущих экспериментов с
HMMER, и может не поддерживаться или не документироваться должным образом.
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ФАЙЛОВ ФОРМАТЫ
В общем, ХММЕР пытается прочитать наиболее распространенные форматы файлов биологических последовательностей. Это
автоматически определяет формат файла. Он также автоматически определяет, являются ли последовательности белками.
или нуклеиновая кислота. Стандартные коды вырождения ИЮПАК разрешены в дополнение к обычным
Коды из 4 или 20 букв.
Невыровненный последовательности
Файлы невыровненных последовательностей могут быть в FASTA, Swissprot, EMBL, GenBank, PIR,
Формат Intelligenetics, Strider или GCG. Эти форматы задокументированы в
Руководство пользователя.
Последовательность выравнивание
Множественные выравнивания последовательностей могут быть в формате CLUSTALW, SELEX или GCG MSF. Эти
форматы задокументированы в Руководстве пользователя.
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА ПЕРЕМЕННЫЕ
Для простоты использования больших стабильных последовательностей и баз данных HMM, ХММЕР ищет файлы последовательности
и файлы HMM в текущем рабочем каталоге, а также в указанных системных каталогах
по переменным среды.
БЛАСТДБ
Задает расположение каталога баз данных последовательностей. Пример: / seqlibs / blast-
db /. В установках, использующих программное обеспечение BLAST, эта переменная среды, скорее всего,
быть уже установленным.
ХММЕРДБ
Задает расположение каталога баз данных HMM. Пример: / seqlibs / pfam /.
Используйте hmmer2 онлайн с помощью сервисов onworks.net