Это команда HPCmapper, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
HPCmapper - создать скрипт для отображения чтения
СИНТАКСИС
HPCmapper [-vb] [-kInt(20)] [-wInt(6)] [-hInt(50)] [-tInt] [-MInt]
[-eдвойной (85)][-lInt(1000)] [-sInt(100)] [-HInt] [-mтрек] + [-дальInt(4)] [-градусInt(25)]
ref: db | плотина читает: db | dam [первый: int[-последний: int]]
ОПИСАНИЕ
HPCmapper записывает сценарий оболочки UNIX в стандартный вывод, который состоит из последовательности
команды, которые эффективно "отображают" каждое чтение в БД читает против эталонного набора
последовательности в БД ссылка, записывая все найденные локальные выравнивания в последовательность файлов
ref.reads.1.las, ref.reads.2.lasи так далее, где ref.reads.k.las содержит выравнивания
между всеми ссылка и k'-й блок читает. Параметры точно такие же, как
для HPCdaligner(1) за исключением того, что -k, -hи -e значения по умолчанию установлены соответственно для
отображение, и -A и -I варианты не имеют смысла, поскольку ссылка и читает ожидается
отдельные наборы данных.
Если целые числа первый и последний отсутствуют, то создается сценарий для каждого блока в
база данных читает. Если первый присутствует тогда HPCmapper создает сценарий, который сравнивает
Блоки первый через последний (последний = первый если нет) против DAM ссылка.
Используйте HPCmapper в Интернете с помощью сервисов onworks.net