Это неизгладимая команда, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
неизгладимый - мощный и гибкий симулятор биологической эволюции
СИНТАКСИС
несмываемый
Никакие параметры не могут быть переданы через командную строку.
ОПИСАНИЕ
несмываемый может моделировать эволюцию многораздельного нуклеотида, аминокислоты или кодона
наборы данных через процессы вставки, удаления и замены в непрерывном
время. Поддерживаются все распространенные эволюционные модели.
Полная документация для несмываемый доступно под
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
КОНФИГУРАЦИЯ
несмываемый считывает настройки для запуска моделирования из файла с именем контроль.txt в
Текущий каталог. Файл разбит на блоки, каждый из которых управляет одним.
конкретный аспект моделирования. Блоки могут содержать дополнительные подблоки. Комментарии могут
быть даны в стиле C или C ++. Если несмываемый выполняется без контрольного файла,
файл примера создан.
[ТИП] напишите
Каждый контрольный файл должен начинаться с символа ТИП блокировать. Возможные типы: НУКЛЕОТИД,
АМИНОКИСЛОТАкачества КОДОН.
[НАСТРОЙКИ]
Этот блок определяет несущественные пользовательские настройки, такие как типы выходных файлов и
форматы, начальные числа для генератора случайных чисел и необходимость вывода подробных
отчеты.
[МОДЕЛЬ] название модели
Этот блок запускает новую эволюционную модель, которая будет использоваться для моделирования. В
конкретные параметры, включая модели замещения, скорость отступа и кодон-сайт
модели управляются через подмодели. название модели может быть любое имя по вашему выбору.
[ДЕРЕВО] имя дерева Ньюик
Этот блок используется для указания дерева направляющих с заданным именем. имя.
Эволюционные расстояния представлены как длины ветвей для дерева в НЬЮИК
формат.
[ВЕТВИ]
Эти блоки используются для моделирования нестационарных и неоднородных процессов.
Различные модели могут быть указаны на разных ветках дерева направляющих, что позволяет
ветвей иметь разные модели замещения, распределение длины отступа, скорость
неоднородность, базовый состав и т. д.
[ГРУППЫ] имя раздела
Во время каждого прогона можно моделировать несколько секций последовательности. Для каждого раздела
должны быть указаны направляющее дерево, эволюционная модель и длина последовательности.
[ЭВОЛЮЦИОНИРОВАТЬ]
В этом блоке может быть сгенерировано несколько реплик раздела.
АВТОРСКИЕ ПРАВА
Авторские права © 2010 Уильям Флетчер Лицензия GPLv3 +: GNU GPL версии 3 или более поздней.
Это бесплатное программное обеспечение: вы можете изменять и распространять его. НЕТ ГАРАНТИИ,
в пределах, разрешенных законом. Полный текст лицензии доступен по адресу
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
Авторы
Уильям Флетчер и Цзихенг Ян (2009). INDELible: гибкий симулятор биологических
Эволюция последовательности, Молекулярный Биология и Эволюция, 26(8): 1879-1888.
Используйте нестираемые материалы в Интернете с помощью сервисов onworks.net