Это команда khmer, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
кхмерский - подсчет k-мер, фильтрация и обход графа FTW!
khmer - это библиотека и набор инструментов для анализа и преобразования наборов данных на основе k-mer.
СИНТАКСИС
кхмерский [опции] арг
например.
кхмерский загрузка в счет -x 1e8 -k 20 чтенийs.ct reads.fa.gz
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
Эта страница руководства описывает только кхмерский сценарий оболочки. Чтобы узнать о программном обеспечении и
как его использовать, см. / usr / share / doc / khmer или еще http://khmer.readthedocs.org/.
В Debian / Ubuntu сопровождающие пакетов избегают прямого размещения больших коллекций скриптов.
в системный PATH. Скорее всего, для запуска сценария, который вы
хочу использовать; поэтому, если в кхмерских инструкциях говорится, что нужно запустить загрузить-в-counting.py
...что бы ни... вам нужно добавить к этой команде префикс кхмерский. Кроме того, расширение .py
может быть опущено, что приведет к команде в формате, показанном выше.
Если вам это не нравится, просто добавьте / usr / lib / khmer / bin в свой личный PATH.
Использовать кхмерский онлайн с помощью сервисов onworks.net