Это команда mia-3dfluid, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
mia-3dfluid - Гидродинамическая 3D регистрация
СИНТАКСИС
миа-3dfluid -i -r -o [опции]
ОПИСАНИЕ
миа-3dfluid Эта программа используется для нежесткой регистрации на основе гидродинамики как
описано в: Wollny, G. и Kruggel, F., «Вычислительная стоимость нежесткой регистрации.
алгоритмы, основанные на гидродинамике », IEEE Transactions on Medical Imaging, 11(8), стр.
946-952, 2002 г., DOI: 10.1109 / TMI.2002.803113. Он использует SSD в качестве единственной регистрации
критерий.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Файл-IO
-i --in-image = (ввод, обязательно); io
входное изображение Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io
-r --ref-image = (ввод, обязательно); io
эталонное изображение Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io.
-o --out-transformation = (вывод, обязательно); io
выходное преобразование, содержащее поле регистрирующего преобразования Для
поддерживаемые типы файлов см. ПЛАГИНЫ: 3dtransform / io
-d --out-image = (вывод); io
сохранить деформированное изображение Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io
Документи & Инфо
-V --verbose = предупреждение
многословность вывода, печать сообщений заданного уровня и более высокого приоритета.
Поддерживаемые приоритеты, начиная с самого низкого уровня:
info - Сообщения низкого уровня
прослеживать - Трассировка вызова функции
неудача - Сообщать об ошибках тестирования
предупреждение - Предупреждения
ошибка - Сообщать об ошибках
отлаживать - Вывод отладки
сообщение - Нормальные сообщения
роковой - Сообщать только о фатальных ошибках
--авторское право
распечатать информацию об авторских правах
-ч --помощь
распечатать эту справку
-? --использование
распечатать краткую справку
--версия
распечатайте номер версии и выйдите
Обработка
--threads = -1
Максимальное количество потоков для обработки, это число должно быть меньше
или равно количеству ядер логического процессора в машине. (-1:
автоматическая оценка) .Максимальное количество потоков для обработки.
число должно быть меньше или равно количеству ядер логического процессора в
машина. (-1: автоматическая оценка).
Регистрация параметры
--disable-мультисетка
отключить многосеточную обработку
--disable-fullres
отключить обработку изображения с полным разрешением
--lambda = 1
константа эластичности
--mu = 1
константа эластичности
-s --start-size = 16
начальный размер с несколькими сетками начальный размер с несколькими сетками
-m --method = сора
метод решения PDE
Сор - последовательное чрезмерное расслабление
Сора - рефлексия Гаусса Саутвелла
--step = 0.8
Начальный размер шага
-p --interpolator = bspline: d = 3
Ядро интерполятора изображений Ядро интерполятора изображений Для поддерживаемых плагинов
см. ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel
--relax = 1
коэффициент сверхрелаксации для метода сорвер коэффициент релаксации для метода сор
--maxiter = 10
максимальное количество итераций
--epsilon = 0.01
условие усечения
--matter = 4
интенсивность, выше которой принимается реальная материя (экспериментальная), интенсивность выше
какая реальная материя предполагается (экспериментальная)
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel
сплайн Создание ядра B-сплайна, поддерживаемые параметры:
d = 3; int в [0, 5]
Степень сплайна.
омомы Создание ядра OMoms-сплайна, поддерживаемые параметры:
d = 3; int в [3, 3]
Степень сплайна.
ПЛАГИНЫ: 3dimage / io
анализировать Проанализировать изображение 7.5
Распознаваемые расширения файлов: .HDR, .hdr.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком, 32 бит со знаком, 32 бита с плавающей запятой,
64 бит с плавающей запятой
пул данных Виртуальный ввод-вывод во внутренний пул данных и из него
Распознаваемые расширения файлов:. @
DICOM Серия изображений Dicom как 3D
Распознаваемые расширения файлов: .DCM, .dcm.
Поддерживаемые типы элементов:
16 бит со знаком, 16 бит без знака
hdf5 HDF5 3D изображение IO
Распознаваемые расширения файлов: .H5, .h5.
Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 64-разрядный со знаком, 64-разрядный без знака, с плавающей запятой
точка 32 бит, с плавающей точкой 64 бит
Inria Изображение INRIA
Распознаваемые расширения файлов: .INR, .inr.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой
MHD MetaIO 3D image IO с использованием реализации VTK (экспериментальная).
Распознаваемые расширения файлов: .MHA, .MHD, .mha, .mhd.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой
изящный NIFTI-1 3D изображение IO
Распознаваемые расширения файлов: .NII, .nii.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, без знака 32 бит, знак 64 бит, без знака 64 бит, с плавающей запятой 32
бит, с плавающей запятой 64 бит
ВФФ Растровый формат VFF Sun
Распознаваемые расширения файлов: .VFF, .vff.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком
перспектива 3D вид
Распознаваемые расширения файлов: .V, .VISTA, .v, .vista.
Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит
ВТИ 3D-изображение VTK-XML, ввод и вывод (экспериментально).
Распознаваемые расширения файлов: .VTI, .vti.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой
ВТК Ввод и вывод устаревших изображений 3D VTK (экспериментально).
Распознаваемые расширения файлов: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage.
Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит
ПЛАГИНЫ: 3dtransform / io
BBS Двоичный (непереносимый) сериализованный ввод-вывод трехмерных преобразований
Распознаваемые расширения файлов: .bbs
пул данных Виртуальный ввод-вывод во внутренний пул данных и из него
Распознаваемые расширения файлов:. @
перспектива Хранение трехмерных преобразований Vista
Распознаваемые расширения файлов: .v, .v3dt.
XML XML-сериализованный ввод-вывод трехмерных преобразований
Распознаваемые расширения файлов: .x3dt
ПРИМЕР
Зарегистрируйте image test.v в image ref.v и запишите поле вектора деформации regfield.v.
Начните регистрацию с наименьшего размера выше 16 пикселей.
mia-3dfluid -i test.v -r ref.v -o regfield.v -s 16
Авторы)
Герт Волльни
АВТОРСКИЕ ПРАВА
Это программное обеспечение защищено авторскими правами (c) 1999-2015 гг., Лейпциг, Германия, и Мадрид, Испания. Это приходит
с СОВЕРШЕННО ОТСУТСТВИЕМ ГАРАНТИЙ, и вы можете распространять его в соответствии с условиями GNU
ОБЩАЯ ОБЩЕСТВЕННАЯ ЛИЦЕНЗИЯ Версия 3 (или новее). Для получения дополнительной информации запустите программу с
вариант '- авторское право'.
Используйте mia-3dfluid онлайн с помощью сервисов onworks.net